种子中游离水和结合水的重量占供试种子重量的百分率。供试种子重量取干重时称干基含水量或绝对含水量，取湿重时称湿基含水量或相对含水量。水是种子生命活动的必要条件。但贮藏中如含水量过高，种子中各种酶活化，种子呼吸作用增强。呼吸所释放的二氧化碳、水汽和热一般难于从种子堆中排除，种子堆便会出现自潮、自热和窒息现象，使种子迅速败坏。常温下贮藏种子，如果含水量超过18～20%，微生物便会迅速孳生；低于10%时一般微生物的活动才会显著削弱；低于9%时才能抑制一般昆虫的活动。但如果种子含水量太低，例如低于4～5%，种子中类脂物质自动氧化生成的游离基会对细胞中的大分子造成伤害，使酶钝化、膜受损伤、组朊变性、染色体歧变，也会加速种子的变质死亡。保持种子活力而能安全贮藏的含水量常称安全含水量。不过含水量并不是影响种子贮藏寿命的唯一因素。只有同时具备其他条件，安全含水量这个词才有真实意义。根据安全含水量的高低可以把林木种子区分成两大类：一类是耐干燥的种子，如油松、杉木、刺槐等多数树种的种子；一类是不耐干燥的种子，如油桐、栎类等。种子能从空气中吸收水汽，也能向周围环境释放水汽。水汽分子的这种运动方向取决于空气的相对湿度。因此经过干燥处理的种子还必须在干燥的环境中，或者在隔湿防潮材料形成的小环境中贮藏。在一定的相对湿度下，种子吸收和释放的水汽量相等，此时的种子含水量，称为平衡含水量。相对湿度相同时，平衡含水量的高低取决于种子内含物的成分，种子的相对面积、种皮的结构，以及种子的机械损伤状况等许多因子。因此随树种而异，同一树种的各个种批也不完全相同。例如蛋白质吸湿能力最强，脂类则不亲水，因此富含油脂的种子，平衡含水量远低于富含蛋白质的种子。

含水量的测定样品，从送检的含水量种子样品中随机提取，种粒大的应切开或打碎。常用的测定法是105℃恒重法，即在105℃的烘箱中烘至样品重量不变时，以样品初始重量与恒重之差作为该样品中游离水和结合水的重量。也可以用130℃高温快速法。含水量高的种子可以用二次烘干法。富含挥发性物质的种子用甲苯蒸馏法取得的含水量数值比较真实。种子中水分越多，其电导系数也越大。根据这个原理设计的种子水分速测仪，能以相当的精度在一定的范围内测定种子含水量，瞬时显示测定结果，而且机体轻小，特别适于在种子收购现场等场合使用，但应经常用105℃烘干法校正。