用药剂消灭种子所带病菌的措施。为害种子的微生物以真菌为主，亦有部分细菌。在条件适宜时种子形成病斑，或在种子表面形成霉层或丝状物，严重时使子霉烂，丧失发芽能力。为预防种子所带病菌为害幼苗，生产上常在播种前对种子消毒。贮藏的种子堆通气不良，如遇湿热条件，霉菌极易繁殖，久藏的种子，由于自身老化，更易遭受霉菌侵袭。贮藏前消毒灭菌，可以减少感染机会，还应严格控制贮藏条件（见林木种子贮藏）。贮藏种子的容器和催芽时用的介质往往带菌，同样要注意消毒。

常用的种子消毒方法有五种：①福尔马林溶液浸种：播种前1～2天，将浓度为40%的福尔马林原液1份加水260份稀释成0.15%溶液，把种子放入溶液中浸15～20分钟，取出沥干，密闭2小时后摊开阴干即可播种。此法不能用于已经催芽的种子，以免产生药害。一般1公斤福尔马林可以消毒50公斤种子。②硫酸铜溶液浸种：用0.3～1.0%硫酸铜溶液浸种4～6小时，取出阴干即可播种。③高锰酸钾溶液浸种：溶液浓度如为0.5%，浸种2小时；如为3%则浸种30分钟。浸种后取出种子，用布盖30分钟，再用水冲洗后即可播种。高锰酸钾对种皮有刺激作用，因此除灭菌外，还可以使种子发芽迅速、整齐。但胚根已突破种皮的种子，不可用高锰酸钾消毒。④多菌灵处理：多菌灵即苯肼咪唑44号。每100公斤种子可用10%可湿性粉剂1公斤拌种；也可用1000倍水溶液浸种12～20小时。⑤敌克松粉剂拌种：药重为种子重量的0.2～0.5%。先用药重的10～15倍细土配成药土，然后拌种，防治猝倒病的效果较好。