畜牧场在生产过程中产生的畜禽粪尿以及用过的垫料、污水、畜禽尸体、胎衣、蛋壳等。畜禽粪尿、垫料及生产污水富含氮、磷、钾等元素，是培肥土壤，种植作物的优质有机肥料，但若管理不善，不能有效利用则成为破坏环境的污染源。

畜牧场废弃物主要是畜禽粪尿和污水。数量大、有恶臭、难运输、难贮存，易腐败分解产生刺激性臭味的氨等有害气体，往往带有致病微生物。所以容易直接污染空气、土壤和水体；还可通过被污染的水、粮食、蔬菜、水果和空气，危害人畜健康，导致畜禽传染病、寄生虫病以及人畜共患病的传播和蔓延，畜牧场废弃物又是蚊蝇孳生和鼠类繁殖的场所，而蚊、蝇、鼠类是许多传染病的传播媒介。

土壤是畜牧场废弃物的天然收容所和净化场。但是，随着畜牧生产的集约化与畜牧场规模的不断扩大，大量畜禽在有限的土地范围内集中，以致所产生的粪尿和生产污水超过了土壤的接纳能力，成为一种新的公害——畜产公害。如在欧洲一些畜牧生产发达国家，由于大量畜禽粪尿得不到有效利用，不仅污染了水体和空气环境，而且已成为产生酸雨的主要原因。在中国，一些大中城市郊区随着大型现代化畜牧场的兴建，畜牧生产废弃物对环境污染的情况时有发生，并已引起人们的关注。

畜牧场废弃物的管理涉及兽医卫生学与公共卫生学。科学管理和有效处理既是保护人畜健康和防止生态环境污染的保障，也是衡量畜牧生产管理水平的重要标志。管理的目的在于防止疾病传播和保护环境免受其污染；处理的目的则在于将其变有害为无害。世界各国均有法律规定：①畜牧场废弃的畜禽尸体必须焚毁或深埋，不得食用，更不得随意抛弃。②畜禽粪尿及生产污水必须集中贮集，并进行无害化处理，不能污染地上及地下水和空气环境，更不准随意排放。

畜禽粪尿的贮集因生产工艺、特别是清粪方式的不同而异。粪尿分离清除，尿液及生产污水经普通排水系统排入化粪池贮集；而粪便及垫料则移至粪场堆积。粪尿混合，水冲清除时，所有粪液通常淌入位于畜舍内外的粪水沟或贮积池。堆粪场和粪水池要远离水源、住宅及畜舍，并在其下风向；粪水池建筑材料、结构须不透水，其上应有防雨棚，以防雨季时粪水溢出随径流污染环境；在北方寒冷地区，冬季有相当长的时间粪肥不能施用，故堆粪场或粪水池的容积通常按6个月存放期设计。

用判断水体被有机物污染的指标——生化需氧量（BOD）对畜禽粪尿和人粪尿加以比较，一头（只）牛、马、猪、鸡一天排出粪尿的BOD分别约相当于人的30倍、10倍、10倍及0.7倍。试验还证明：能引起急性食物中毒的沙门氏菌属以及一些寄生虫卵，在试验条件下及生产试验过程中，无论冬季或夏季均可存活达几个月之久。如牛粪水中的沙门氏菌，在8℃的条件下可存活350天，而在17℃条件下可存活180天。粪水中的牛、猪口蹄疫病毒则在12～18℃条件下可存活25～32天，而在零度以下可存活180～220天。未经处理直接施入土中，霍乱弧菌能生存8～60天；痢疾杆菌可生存22～142天；布鲁氏杆菌约100天；结核杆菌则可存活一年之久。如果炭疽、气坏疽、气肿疽及恶性水肿等的病原体形成芽孢，甚至可存活几年至几十年。此外，土壤对有些病的传播起着重要作用。如钩虫和蛔虫生活史的一个阶段必须在土壤中完成。而牛、猪、羊、马等家畜患钩端螺旋体病时，随粪便排出的钩端螺旋体可在中性或弱碱性土壤中存活几个星期。由此可见，通过灌溉、雨水冲刷、渗透或刮风，土壤中的病原微生物便可能污染地上、地下水体、空气，并不可避免地会污染粮食、蔬菜、饲料和牧草，进而危害人畜健康。

因此，为保护环境，保证人畜健康，畜禽粪尿和畜牧场生产污水必须加以处理，根据其特点、要求和畜牧场条件，可采用不同的处理方法。但任何处理方法必须遵循下列原则：①杀灭一切致病微生物；②除去臭味；③不使原有的可用成分丧失；④使之便于利用和运输；⑤方法简便、设备简单；⑥节能；⑦投资少，成本低。大型畜牧场粪尿及生产污水的无害化处理是一项要求严格、开销庞大的工程，所以在许多发达国家靠国家资助来解决。

自古以来，畜禽粪尿通常用作肥料、动物的部分补充饲料和燃料。但直到今天，作肥料始终是最经济、最节能、最有效的用途。畜禽粪尿是不可取代的优质有机肥料，不仅是植物的丰富养分，更重要的在于它改良土壤、培肥地力的效力。

采用传统的粪尿分离管理方法，将粪与垫料一起堆肥腐熟，是最经济、简便、安全的造肥方法。目前已分离出数十种分解发酵菌，根据粪堆中的不同成分，选用相应菌种，从而使不同的有机物（如粪尿和不同的垫料），在适宜的温度下（65～75℃），在较短的时间内同步分解成为高效、无臭、便于运输的优质肥料。还可添加某些无机元素制成商品性复合肥。

在集约化生产条件下，由于采用漏缝地面和水冲清粪形成的粪水，容易污染地下水，造成疾病传播和污染土壤及其作物与牧草，因而在贮存、处理、利用上增加了难度，所以不仅要求在清粪方式和管理上加以改革，粪水用作肥料时，必须遵守下列原则：保护环境不受污染；不造成疾病传播；合理施用。

由于粪水难以运输，不好施洒，许多畜牧生产发达国家采取以下措施：①由政府资助成立专门粪水清除利用服务机构，为之配备带有可开沟、喷洒、覆土装置的专用槽车；②对使用粪水肥田距离较远的农户给予经济补贴；③与土地面积相匹配，限制一个畜牧生产单位的饲养头数。

由于家畜，尤其是鸡的粪便中残存相当数量的未被消化的含氮物质，因而有开发用作家畜补充饲料的前景。但另一方面它不仅可能带有许多致病微生物，而且可能含有对家畜、以至对人有害的抗菌素、激素和重金属等残留物。此外，畜禽粪便中化学成分和营养价值受畜禽种类、生产能力、养分摄入量及其消化、吸收状况、营养状况和日粮成分、饲养管理方式与特点、粪便的管理与处理、垫料和其他添加物以及环境因素等许多因素的影响。如通常鸡粪中粗蛋白约含30%，但在不同情况下出入很大，变动范围为18%～40%；此外有机氮的分解也很快，鸡粪排出后3～4小时，氨的产生量迅速增加。鸡粪中有机氮的丧失与水分含量和温度有关。

畜禽产品多半是人类的食品。因此在利用畜禽粪便作饲料时，必须遵循以下原则：保证畜禽健康；保证食用这些畜禽产品的人的安全；应客观估价畜禽粪便的实际营养价值和经济效益。

以畜禽粪便作原料经厌气菌发酵产生以甲烷为主要成分的沼气，不仅可提供能源，同时因为产生沼气所消耗的主要是粪便中的碳元素，而对动物和植物有营养作用的氮素依然保留，所以沼渣和沼液还是优质有机肥料，并可作为饲料。此外，在沼气发生过程中，还可杀死病原微生物，达到粪便无害化。所以生产沼气被认为是有开发前景的粪便利用途径。

但是，生产沼气要求一定的温度，因而在北方寒冷地区，冬季有相当长的时间不能产气或产气效果不好；建立沼气发生装置投资大，生产成本高，目前尚不易被生产单位所接受；沼渣、沼液的清除与利用的手段与技术也有待研究解决与完善。