水稻菌核秆腐病种类很多。在我国,水稻菌核秆腐病有7种:小球菌核病[Nakateae sigmoidea(Cavara)Hara]、小黑菌核病Heminhospouium sigmoideurn var.irregulare C.et T.)、褐色菌核病(Sclerotium oryzae-sativae Sawada)、球状菌核病(Sclerotium hydrophilum Sacc.)、灰色菌核病(Sclerotium fumigatum Nakata et Hara)、黑粒菌核病(Helicoceras oryzae Lihder et Tullis)和赤色菌核病菌(Rhizoctoni