鸟类的肌肉系统由骨骼肌（横纹肌）、内脏肌（平滑肌）和心肌组成。肌肉系统是鸟类进行各种运动的基础，其中胸肌是鸟类的肌肉中最发达的，约占体重的1/5，胸肌包括位于龙骨突外面的胸大肌和位于胸大肌深层的胸小肌，它们的起点均附着在胸骨上。胸大肌收缩时，能使翅膀下扇；胸小肌收缩时，能使翅膀扬起（图11）。

图11 鸟类胸肌支配翼运动的模式图

鸟类颈部的肌肉较发达，背部肌肉相应退化。皮肌也较发达，能带起冠羽，竖起身上的羽毛等。后肢有适于栖握的肌肉，包括栖肌、贯趾屈肌和腓骨中肌等，借助肌腱、肌腱鞘和骨骼关节三者之间的巧妙配合，可以使鸟在树枝上栖止时，通过自身体重的压迫和腿骨关节的弯曲，导致与屈趾有关的上述肌肉的肌腱拉紧，足趾自然地随之弯曲而紧紧抓住树枝（图12）。横膈膜发育不良，仅具有从肋骨发出的肌纤维束。

图12 鸟类栖止肌肉的模式图

此外，还有支配眼球运动的4股直肌和2股斜肌、支配鸣管改变形状而发出叫声的鸣肌（图13）、颌肌、背肌和上下肢的其他肌肉群，以及内脏肌和心肌等。

图13 雀形目鸟鸣肌