泥鳅养殖过程中，常见的病害有烂鳍病、赤鳍病、水霉病、气泡病、车轮虫病、舌杯虫病及农药中毒等。

烂鳍病

患病泥鳅的鳍、腹部皮肤及肛门周围充血、溃烂，尾鳍、胸鳍发白并溃烂，鱼体两侧自头部至尾部浮肿，并有红斑。防治方法：用聚维酮碘溶液全池泼洒，连用2天即可。

赤鳍病

患病泥鳅的鳍或体表部分表皮剥落，呈灰白色，肌肉开始腐烂，肛门部位发红，继而在这些部位出现血斑，并逐渐变为深红色。严重时出现鳍条脱落，不摄食，直至死亡。本病主要流行于夏季。防治方法是避免鱼体受伤，并苗种放养前应用4%的食盐水浸浴消毒。

水霉病

每立方米水中放食盐400克加小苏打400克充分溶解后，用此浓度的溶液洗浴泥鳅卵1小时；在捕捉、运输泥鳅时，尽量避免机械损伤；用4%的食盐水浸洗患病泥鳅5～10分钟。

车轮虫病

病原为车轮虫，寄生于泥鳅鳃部和体表。泥鳅患病后摄食量减少，离群独游，严重时虫体密布。如不及时治疗，会引起死亡。流行于5～8月。预防措施是用生石灰清塘。治疗方法为全池泼洒原虫净。

舌杯虫病

病原为舌杯体，寄生于泥鳅的皮肤或鳃上，平时摄取周围水中的食物作为营养，对泥鳅没有多大影响。但若大量寄生在鳅苗上，会造成鳅苗呼吸困难，严重时导致其死亡。本病一年四季均可发生，以5～8月较为普遍。预防主要是应在鳅种放养前用8克/米³硫酸铜溶液浸洗15～20分钟，发病后治疗则用0.7克/米³硫酸铜和硫酸亚铁（5∶2）合剂全池泼洒。

气泡病

本病多由于水中氧气或其他气体含量过多而引起，主要危害鳅苗。患病鳅苗浮于水面。防治办法：每亩用食盐4～6千克全池泼洒；立即冲入清水或黄泥浆水；及时清除池中腐败物，不施用未发酵的肥料；掌握好投饵量和施肥量，防止水质恶化。