香菇良种来源的主要途径有自然选育、诱变选育、杂交选育、细胞融合选育等途径。

自然选育也称评选淘汰法。参与评选的菌株可以是引进菌株，也可以是组织分离、菌丝分离得到的菌株；它们在相同的基质和环境条件下进行全程栽培试验达到菌株选优劣汰的目的。它仍然是目前民间广泛采用的一条香菇良种来源的重要途径。

诱变育种是使用物理方法或化学诱变剂使香菇菌株产生基因变异，达到选育优良变异的新菌株的目的。此法工作量大、盲目性也大，选育成效有限。

杂交育种是细胞水平上的工作。香菇的杂交育种最常应用的是单孢杂交，即通过筛选一个或几个可亲和的亲本单孢进行组合，使其产生部分染色体交换或重组而获得新菌株，这种杂交也称对称杂交；还可以是非对称杂交，即双核菌丝与单核菌丝端距组合杂交。杂交是培育香菇新菌株最有效的育种方法。

细胞融合常在种间或属间杂交时采用，目前已有融合成功的范例，如香味蘑是香菇与阿魏蘑的细胞融合的产物。