我国目前应用于香菇栽培的菌株约有40个，其中引进有30个左右。这些菌株都是菌龄较长才能出菇的中、低、高温型的菌株。国内选育有10多个菌株在应用，经过技术部门鉴定的有Cr系列，大都为中、高温型，申香系列菌株也在逐步应用，适宜木屑栽培，较短的菌龄即可出菇。还有少量地方特色的段木菌株。我国香菇木屑栽培应用菌株在20世纪80年代和90年代初以Cr-02、Cr-20为当家菌株，1995年以后逐步以长菌龄菌株为当家菌株。福建省培养料栽培香菇的菌株有12株，主要是Cr系列和引进驯化菌株。短菌龄的菌株主要有Cr-20（Cr-04）、Cr-66、Cr-62、Cr-33、L-26、武香1号、L-087（L-856）等；申香系列菌株主要有申香2、申香4、申香6、申香8、申香9、申香10、申香12等菌株，长菌龄菌株主要有L-241-4、L-135、L-939、L-9015。