对虾体内有消化系统、循环系统、生殖系统、呼吸系统、排泄系统、神经系统、肌肉系统以及内分泌系统等（图3）。各系统的组成及功能简述如下：
图3 对虾内部器官（中央纵切面）
对虾的消化系统由口、食道、胃、肠、肛门以及一个大的消化腺组成。
对虾的口位于头胸部腹面，周围有大、小颚等附肢组成的口器；口后接短而直的食道；食道后接胃；胃分为贲门胃和幽门胃，胃内有各种骨片、骨板、骨刺等构成的胃磨；胃后接长的中肠，中肠前端背面有一中肠盲囊，后端与直肠相连，直肠短粗，后接开口于尾节腹面的肛门，在直肠与中肠相接处有一直肠盲囊。消化腺为一对大的内有许多管状盲囊的腺体，又称肝胰脏，有肝管开口于胃和中肠的相接处。食物由口器切碎送入口中，经食道进入胃中，在胃磨中被磨细，形成食糜进入幽门胃。食糜经与消化液混合后，向后进入中肠进行消化、吸收，未被吸收的食糜由中肠向后输送，经直肠由肛门排出体外。
对虾的循环系统由血液、心脏、动脉血管及血窦组成，为开放式系统。心脏位于头胸部后端，为多边形囊状，其跳动可由体外观察到。心脏具4对心孔，向前发出前侧动脉一对，并有分枝动脉通向头胸部各组织、器官，向后发出背动脉进入腹部并分枝通向各组织器官，在背动脉由心脏发出处有一下行的胸腹动脉通向腹面，并分枝出胸下动脉和腹下动脉。由心脏发出的动脉逐渐分枝形成小血管分布至器官、组织中。血窦为大的组织间隙，收集由组织流回的血液，主要有心脏外面的围心窦和胸部的胸血窦等。
对虾的血液无色透明，携带氧气的血蓝素存在于血浆中。血细胞分为透明细胞、半透明细胞、颗粒细胞三类，有吞噬血液中异物及凝血等功能。
对虾的循环过程为：心脏跳动使血液从心脏中流出，沿动脉及分枝血管流向各器官、组织，由器官、组织而来的血液经组织间隙和小血窦集中于胸血窦，然后进入鳃中进行气体交换，再由鳃中流出，经围心窦流回心脏参加下次循环。
对虾的雄性生殖系统包括多叶的精巢、输精管及贮精囊等。精巢位于头胸部后部，有一对前叶、六对侧叶和一对后叶。由后叶发出一对输精管，向后方弯曲后下行接于贮精囊。贮精囊位于第五对步足基部，有生殖孔开口于体外。雄虾的外生殖器官主要包括由第一腹肢内肢变化来的交接器，此外，第二腹肢内肢形成雄性附肢。
雌性生殖系统主要包括卵巢及输卵管等。卵巢位于身体背面、头胸部后部，向前发出一对前叶，向腹面发出六对侧叶，覆盖在肝胰腺背方，向后发出一对长的后叶进入腹部，沿着肠背面向后延伸至肛门附近。输卵管一对，由第五对侧叶末端发出，下行并开口于位于第三对步足基部的生殖孔。雌虾的外生殖器官为纳精囊，用来在交配时存放精荚。纳精囊为甲壳绉褶形成，位于第四、五对步足基部之间腹面甲壳上。纳精囊分为两类，一为封闭式纳精囊，有甲壳形成的囊，呈中间有狭缝的圆盘状或袋状；另一类为开放式纳精囊，甲壳不形成囊状结构，而仅有突起及绉褶，交配后精荚黏附在其上。
对虾是通过鳃进行呼吸，完成气体交换的。依据鳃的位置不同分为侧鳃、关节鳃及足鳃等。对虾的鳃为枝状鳃，鳃由中央的鳃轴与两侧的鳃瓣组成。鳃轴中有入鳃血管和出鳃血管；鳃瓣由鳃轴发出，有分枝的鳃丝。对虾的鳃位于由头胸甲侧甲及胸部体壁构成的鳃腔中，由第二小颚外肢的摆动使水流经鳃腔，在鳃丝上进行气体交换，吸收氧气，排出二氧化碳，完成呼吸作用。
对虾的排泄系统由位于第二触角基部的触角腺组成。触角腺为一囊状腺体，并有复杂的薄壁泡状系统相通，排泄孔开口于第二触角基部。由于排泄物多呈绿色，故触角腺又称绿腺。
对虾的神经系统由脑及腹神经索组成。对虾的脑由前脑、中脑、后脑三部分组成，位于两眼基部后方。由后脑向后发出一神经组成围咽神经环环绕食道，围咽神经环在食道后方与咽下神经节相连并由咽下神经节向后发出腹神经索。腹神经索由胸部向后延伸，在每一体节形成一神经节。脑及各神经节上发出许多分枝神经进入附肢、眼、胃、肝胰腺等组织、器官中。
对虾的感觉器官主要有眼、化学感受器及触觉器等。两只大而具柄的复眼由许多小眼组成，具感光功能。体表生有各种有感觉功能的刚毛、绒毛等主管触觉，第一触角基部的平衡囊可感觉身体的平衡。触角鞭、口器及螯足等具有感受化学刺激的功能。
对虾肌肉发达，多为横纹肌，分布于头胸部和腹部，以腹部肌肉最为发达。头胸部的肌肉多与器官的活动有关，如动眼和摆动触角等；腹部肌肉主要与虾的运动有关，通过腹部肌肉的收缩可使对虾迅速弹跳。
对虾的内分泌系统由神经内分泌系统和非神经内分泌系统组成，前者由神经内分泌细胞组成，分泌各种激素并释放入血液中，作用于各种靶器官。重要的神经内分泌器官之一是x—器官。x—器官位于对虾眼柄中，主要功能为调节对虾蜕皮活动及性腺成熟等生理活动。非神经内分泌器官是一些腺体组织，分泌激素等物质参与各特定的生理过程，如y—器官可分泌蜕皮激素，促进对虾蜕皮，其活动受x—器官分泌物调控。
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