根据植物类群范围和等级，考虑到进化、生理、细胞、遗传与其它亲缘关系，把茶树系统列成分类阶元。茶树分类属于植物学分类范畴。植物分类学用等级法来表示各类植物亲缘关系的远近。这种等级是用一系列单位来表示的。即门、纲、目、科、属、种。种是基本单位。在种之下，还可以分为变种或变型。茶树属于山茶科植物是没有争论的，但属以下的争论一直到现在还未完全解决。因而茶树的学名及种以下的变种，仍然处于不断变化之中。

茶树的学名首先由瑞典植物分类学者林奈于1753年在他著的《植物种志》中命名为Thea sinensis L.，1762年林奈在再版《植物种志》中，误把茶树分为红茶种Thea bohea和绿茶种Thea viridis。1818年司维脱首次提出山茶属Camellia与茶属Thea两属合并为山茶属的主张，但直至1935年才被肯定和采用。1908年乔治·瓦特采纳了Camellia thea Link作为学名，并提出了著名的4个变种；即：

var.viridis 为乔木，叶大。下分6个族（Race）。

阿萨姆地方种

（或Jat）Assam Indigenou。分布在印度阿萨姆邦。

那加地方种

Naga。分布在印度和缅甸边境的那加山脉西侧。

鲁夏地方种

Lushai。这种茶树的叶片最大，唯品质低下，抗寒力亦弱。在生产上已逐渐被淘汰。

马尼坡地方种

Minipur。分布在那加的南部，茶树抗寒力强，是印度主要推广品种之一。

缅甸及掸部地方种

Burma&Shan。茶芽上的茸毛较少。

云南大叶种

Yunan&China.

var.Bohea。为小灌木，叶小，主要分布在中国东南部及日本。

var.stricta。为灌木，叶厚而坚韧，侧脉少，在热带可以随时开花结实，常见于印度的茶园中。

var.lasiocalyx。性状介乎绿叶变种（或尖叶变种）与其他变种之间，栽培在新加坡和马来西亚的庇隆（Penang）一带。

1919年科恩·斯徒脱（Cohn

Stuart）认为Camell-ia与Thea两属亲缘接近，主张合并使用Camellia thei-fera（Grifith）Dyer茶种学名。在种以下有4个变种：

var.bohea，又称中国小叶种。这个变种实际上是包括了瓦特的武夷，直叶和绿茶（尖叶）等3个变种的内容。

var.macpophylla。为乔木茶树，叶大，叶尖较钝，系指瓦特的云南大叶种。

var assamics。为乔木茶树，叶大而叶肉薄，系指瓦特的阿萨姆、鲁夏和那加及马尼坡等4个地方种。

var.shan form。为乔木，叶大，叶尖细长，产于缅甸和印度阿萨姆及越南、老挝等地。

随着收集材料的不断丰富，植物学界对山茶植物的理解亦逐步深化，对于茶的学名和分类学的地位问题，大多数学者都认为Camellia与Thea两属应当合并。1935年在荷兰国际植物学会议上认为1818年R.司维脱所定的茶的属名Camellia为有效，而孔茨在1881年提出茶树学名Camellia sinensis（L.）O.Kuntze为正确的学名。会上还决定把茶属归入山茶属后成立单独的茶组。

1958年英国皇家植物园的席勒在《山茶属的修订》的专著中，把茶Camellia sinensis（L.）及近缘种的滇缅茶（或称伊洛瓦底茶）Camellin irrawadiensis、大理茶Camellia talie sis和毛肋茶Camellia pubicosta Merrill及细柄茶Camellia gracilipes Merrill等合成茶组。在茶Camellia sinensis（L.）O.Kuntze下面分为两个变种：

var.sinensis。包括两个类型（form）：

中国大叶类型

f.macrophylla sieb。这个类型包括原来的大叶变种var.maCrophylla及尖叶变种var.Viridis（或称绿叶变种）。

中国小叶类型

f.parvifolia Mig。这个类型包括原来的小叶种T.clesosa.普通变种var.vulgaris，pierre的毛茸变种var.pubescens及瓦特的毛萼变种Var.lasiocalyx等。

var.assamica（Mast）kitamura。它包括了勃鲁士的“野生茶”和麦司脱的阿萨姆种T.assamica及瓦特的尖叶变种var.viridis（或称绿叶变种）。

席勒所搜集的种大多数是1949年以前采集的，而在这以后30多年中，中国的植物学家采集了许多新种，其中在广西、云南最多。1981年中国山茶科植物分类学家张宏达教授对山茶属近200种植物进行系统的研究。把山茶属分成4个亚属，19个组，组下再分系，系下是种。茶树（C.sinensis（L.）O.Kuntze.）属于茶亚属（Subgen.Thea（L.）Chang）茶组（Sect.thea Dyer）。茶组分四系，第4系是茶系（SerN Sinensis Chang）。模式种（Typus）为C.Sinensis（L.）O.Kun-tze。下有1个正种和3个变种，或称4个变种：

var.sinensis.其内容基本上与R·席勒的中国变种相同。本变种原产中国南部，现世界热带、亚热带地区广泛栽培，颇多变异，枝、叶及花有毛或无毛，叶片大小亦不一，通常栽培的植株远较野生的原种为小。

var.assamica。这个变种具有秃净的枝、叶和花，叶片较宽大，野生状态为高14米的乔木。实际上是栽培茶树var.sinensis的野生种。亦即栽培茶树是从这个变种培育出来的。由于分类法规的局限性，在命名上把野生的正种当作栽培种的变种来处理。据参与1826年英国东印度公司去阿萨姆进行茶树调查的勃鲁士的报告，阿萨姆的茶树是当地掸族人从远东带回去栽培的。

（新变种）var.pubilimba chang.Var.nov.本变种和正种及其余变种的区别在于叶膜质椭圆形，枝、叶及花均披毛。

（新组合）var.waldensae（S.Y.Hu）Chang.stat.nov.本变种和正种及其他变种的区别在于叶片倒披针形，上面多少发亮。至于花的形态并无特殊差异。原来定为种，现下降为变种，故称新组合。

以上是茶树分类的演变和进展。长期以来，形态特征是分类学上常用的鉴定根据。号称现代分类学奠基人的林奈认为，物种是由形态相似的个体组成的，同种个体永远保持同一的类型。这是形态标准的理论根据。但是，形态标准并不总是可靠的。因为形态差距在不同种类间并不等价，有时种内变异很大，同种个体会被区分为异种；有时种间差异不显著，异种个体会被误认为同种。因此，现代植物分类学认为：一个种的定义单独根据形态学的标准，是不能令人满意的。基于生殖隔离的生物学准则，认为种的最完善的理论标准是：种是能够（或可能的）相互配育的自然种群的类群，这些类群与其他这样的类群在生殖上相互隔离着。这个定义称为生物学上的种的定义。根据这个定义和现代科学技术的发展，为了证明野生近缘茶树与普通栽培茶树，种间或种类之间的亲缘和演化关系，今后在进行分类时，除采用形态标准外，还应运用生物化学中的同工酶、细胞学中的染色体组型和带型来进行分析，以提高茶树分类的准确性。