明末清初，黄河堤防失修，水灾严重。顺治十五年（1658年）朱之锡（1623～1666）为河道总督治理黄运两河9年，仅修防通运等治标补救，未兴大工。著有《河防疏略》。康熙十五年（1676年）夏，黄河倒灌洪泽湖，高家堰大堤决口34处，淮水冲入淮扬运河，运河堤决口300余丈，里下河7州县被淹。接着，黄河又决口数十处，漕运阻塞。朝廷任命靳辅为河道总督。次年4月，靳辅采纳幕友陈潢的计划，经过调查研究，提出治理黄、淮、运的一系列建议。他认为：“治河当审全局，必合河道、运道为一体，而后治可无弊。河道之变迁，总由议治河者多尽力于漕艘行经之处，其他决口，则以为无关运道而缓视之，以致河道日坏，运道因之日梗”。因此，他主张对黄河、淮河、运河进行统一治理，并提出施工步骤是：先疏下流，后浚上游，堵塞所有决口，坚筑两岸堤防，增建减水坝泄洪等。当年，相继兴工。挑挖洪泽湖口烂泥浅引河4条，疏浚清口至云梯关河道，创筑云梯关外束水堤1.8万余丈，堵塞大决口16处；筑兰阳、中牟、仪封、商丘月堤及虞城周家堤。第二年，创建王家营、张家庄减水坝2座，筑周家桥翟坝堤25里，加培高家堰长堤，堵塞安东、山阳、清河3县河堤及湖堤所有决口。第三年，在黄河

南北两岸分别建山毛城铺和大谷山减水坝两座。康熙二十年又堵塞溃决五年的杨家庄决口，在高邮增建滚水坝八座。这期间，黄河虽然又发生数次决口，均被很快堵塞。经过连续几年的大规模工程，黄河于康熙二十二年复归故道。此后几年，靳辅又主持对黄、淮、运各河的堤工、坝工，特别是一些地段的险工进行了大量的整治。康熙二十三年，靳辅提议开挖宿迁至清河的中运河，4年后工竣。自此，黄河、运河出现了几十年的稳定局面，水灾减少。就在这年，靳辅以运河以东淮水出路问题及涸出土地开垦问题，被劾革职。陈潢也因而病死。康熙三十一年，再次任命他为河道总督，同年11月病逝。

靳辅、陈潢继承了潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”的方略；更明确地指出“逼淮注黄，蓄清刷浑”的重要；更多地修建南岸减水坝分泄黄河洪水，还认为洪水经过湖洼沉淀泥沙后，引入洪泽湖，可以增加淮河清水，加强蓄清刷黄。和潘说不同的是他们主张黄运分开，创开中运河；还认为海口段可以适当疏浚等。靳辅的河工专著《治河方略》详细记述了他的治河主张与主要措施，后来一些重要河官如张鹏翮、齐苏勒、嵇曾筠、高斌等，都沿用他的主张。

陈潢（1638～1689年）字天一，号省斋，浙江钱塘人，博学，擅长水利，为靳辅幕友17年，治河措施都是他的计划。死后，他的朋友张霭生编集他的言论为《河防述言》12篇。陈潢还提出流量概念来测水。