古代留传下来元代加以整理的灌区管理制度，集中载于《长安志图》下卷。此前，泾渠的管理制度在唐《水部式》中有若干具体规定。元代泾渠设屯田总管府管辖，管理制度主要分建筑物维修，灌溉用水制度等两部分。元代对泾渠的重要设施如洪堰、三限闸等的维修管理都有具体规定。洪堰（渠首拦河溢流堰）是石囷坝，常年固定有10名工人看管和维护。三限闸和平石闸是干渠上的主要配水枢纽。制度规定，在灌溉季节，灌区诸县各派官吏1人前往，共同监管分水比例。干支渠和135座分水斗门，也有巡监官和斗门子看管，督促附近受益户随时修理渠道并防止偷水。放水时由灌区管理机构（渠司）派人自上而下沿渠检查，每年停灌后及时修理。7月间由受益户分别疏浚相应渠段，又自8月1日至9月底集中对渠系建筑物进行维修，受益各县按田亩面积派工，共计出夫1600人。10月恢复放水，进行冬灌。灌溉用水制度的内容主要是水量的时空分配。元代的流量计算只有过水断面面积和灌溉时间的概念，1平方尺的过水断面称为1徽，一般1徼水一昼夜溉田80亩。三限、平石两座配水枢纽上的水深，要逐日测量上报，渠司据以安排各渠用水时间和次序。灌区田亩自下而上实行轮灌。各斗门子预先将本斗控制的田亩数和所种作物种类上报，由渠司安排开斗和闭斗时刻，并颁发用水凭证，按证用水，不许多浇和迟浇。非经特别允许，禁止拦渠筑堰拥水。禁止砍伐渠道两旁树木。如若违反灌溉用水制度，除经济处分外，严重者还要施以刑罚。元代泾渠管理制度的基本内容，一直沿用至明清。