古代淮河下游经盱眙、淮阴、淮安、涟水，到云梯关独流入海。春秋以后，淮河干支流上出现了芍陂、鸿隙陂、白水塘等大量渠塘结合的灌溉工程，有的一直延续到现在。自古以来，淮河干支流又是水上交通的要道，自春秋战国时南通长江北通黄河有邗沟、鸿沟等水道，后来有汴渠都是利用它的干支流再开凿人工渠道连接起来的航道。

黄河南徙夺淮河下游入海，自古就有，不过都是短期的。所以，12世纪以前，淮河的洪涝灾害并不突出。南宋建炎二年（1128年），黄河自泗入淮，此后400多年间，黄河下游虽不断修堤堵决，淮北地区水灾还是很严重的，主流常在颍、涡、睢、泗等河间不断变换，汇入淮河。自明万历初到清康熙时，潘季驯、靳辅等治黄，把黄河固定在开封、商丘、砀山至徐州入泗一线，由清口（淮阴北）入淮，经涟水，至云梯关入海，即今废黄河道。淮河干支流都受过侵夺，淤高了河床，打乱了水系，下游无出路，整个淮河流域灾害频繁。这时京杭运河在清口和黄淮交汇，政府把通运作为首要任务，给治理带来很大困难。不断加高高家堰形成洪泽湖大堤，抬高洪泽湖水位，用来调蓄淮河来水并用以冲刷黄河河槽内的泥沙，“蓄清刷黄”，结果并未成功。黄河河槽仍在淤高，淮河自清口出水不畅，大水时中游成灾，下游自高家堰南端泄入白马、宝应诸湖，由运河入江。在运河东堤上又筑归海五坝，减洪东流入海。这些措施虽也起过一些作用，但清中期以后，政治腐败，管理不善，黄河河槽越淤越高，淮水几乎不能流出清口，只靠通过归江十坝，归海五坝入江入海。洪水来临，苏北里下河地区一片汪洋，灾难深重。仅就现在见到的记载，自1280至1855年的575年中，黄河泛滥，淮河受灾的年份就有230多年，平均两年就有1次。范围跨豫、皖、苏3省的整个淮北平原，下至里下河地区。

1855年，黄河在河南铜瓦厢决口北徙，夺大清河入海。淮河下游河床已淤高，无法恢复，出路仍未解决，灾害依然严重，自清末到民国提出了不少治理淮河的导淮方案（见中国治河防洪史）。