已发现的病害有30余种，其中真菌性病害最多，细菌性病害较少。病毒类主要是大豆花叶病毒，线虫病主要为孢囊线虫和根结线虫，以及缺素或其它生理病，如日烧病等。病害可使大豆严重减产。孢囊线虫发生严重时可造成绝产；灰斑病可严重降低商品质量。

中国各大豆产区的病害种类相差不多，但由于气候条件的影响，其严重程度有显著差异。大豆锈病、炭疽病、细菌性斑疹病等，在南方发生较重。北方春大豆区霜霉病、灰斑病、细菌性斑点病、孢囊线虫病发生普遍。大豆病毒病在各大豆栽培区都有发生。为害大豆粒荚为主的有：紫斑病Cercospora kikuchii、轮纹病Ascochyta glycines、赤霉病Fusarium avenacearum（Fusarium roseum、Fusarium semitectum）、荚枯病Macrophoma mame、炭疽病Colletotrichum glycines、黑痘病Sphaceloma glycines。粒荚受害后，形成各种症状的病斑，品质变劣，级等降低，影响种子发芽或丧失发芽力。叶部病害主要有：霜霉病Peronospora manshurica、灰斑病Cercospora sojina、褐纹病Sep-toria glycines、黑斑病Alternaria brassicae var.phaseoli、Alternaria fasciculata、Alernaria tenuis-sima、锈病Phakopsora pachyrhizi、白粉病Erysiphe polygoni、细菌性斑点病Pseudomonas glycinea、细菌性斑疹病Xanthomonas phaseoli var.sojense、大豆花叶病Soybean mosaic virus（SMV）等。茎秆部病害有：菌核病Sclerotinia sclerotiorum、黑点病Pho-mopsis sojae（Diaporthe phaseolorum）、纹枯病Pel-licularia sasakii。薹秆部发病后，病斑呈暗褐色，突起或凹陷，不规则型，叶片失水萎蔫，严重影响产量。根部病害有：立枯病Rhizoctonia solani、猝倒病Pythium debaryanum、枯萎病Fusarium bulbigenum（F.oxysporum）。根部病害在苗期和成株期都有发生，轻者影响生育，重者全株枯死。还有孢囊线虫Hete-rodera glycines主要发生在黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、山东、河南等省（自治区）。受害植株生长缓慢，矮化，叶片失绿呈淡黄色，重时叶片干枯脱落。根疫病Phytophthora magasperma var.sojae是美国的主要病害，中国尚未发现。是检疫对象。

大豆病害的防治以抗病品种为主的综合防治措施。培育和推广抗病品种（见大豆抗病育种）；药剂防治；在30余种大豆病害中，由种子带菌为初次侵染源的占60%左右，药剂拌种能减少病害的侵染源，而且对苗期病害也有防治效果。如福美双0.3%拌种，可防治大豆霜霉病和灰斑病。叶部病害如霜霉病、灰斑病，根部病害如孢囊线虫病等，均可用药剂进行有效防治；农业措施防治，采取合理轮作，如防治大豆孢囊线虫病，实行大豆与禾谷类作物或非寄生作物3～5年轮作，减少虫源。播种前通过选种，清除病粒，建立无病种子田，能提高保苗率，减轻病菌初侵染源，对防治霜霉病、紫斑病、灰斑病，大豆花叶病毒效果较好。秋翻地能较好的清除田间病株残体，减少病源。中耕除草，排除田间积水，能减轻大豆锈病和根部病害的发生。增施有机肥，适时灌水，可减轻孢囊线虫病的为害。此外，防治蚜虫清除田间杂草，亦可减少大豆花叶病毒等病害。