大豆的花色、茸毛色等差别显著的质量性状的遗传，是受少数基因控制的质量遗传。已明确了80个质量遗传基因的位点。大豆质量遗传的研究对象，已从形态性状发展到生理生化性状。

成熟后的豆荚色，受二对基因控制。L₁显性基因存在可致黑色荚，l₁隐性与L₂显性同时存在则为褐色荚，l₁和l₂两对隐性基因同时存在为草黄色荚，黑色荚（L₁L₁ L₂L₂）与草黄色荚（l₁l₁ l₂l₂）杂交，F₂荚色比为黑色12∶褐色3∶草黄色1。

经多人研究、补充和修正，大豆遗传学界公认的有关种皮色与脐色遗传主要内容如下：

①黄种皮对绿种皮的遗传：

F₁为绿色，F₂分离为3（绿）∶1（黄）

G：绿种皮

g：黄种皮

②黑色、褐色种皮及脐色的遗传：

R：黑色（当与棕毛基因T共存时，RT）

r：褐色（当与棕毛基因T共存时，rT）

RtW₁：不完全黑（黑褐间混）（灰毛紫花）

Rtw₁：黄褐色（灰毛白花）

rt：淡黄色（灰毛）

r^m：褐色种皮上产生黑色斑纹，对无斑纹的r基因为显性

③控制色泽分布的基因：

I：色泽被限制在脐内并被冲淡

i¹：将黑色或褐色限制于脐内

i^k：将黑色或褐色限制于脐的两侧，呈马鞍状双色

i：对色泽分布无限制作用，出现黑豆或褐豆

以上基因按I-i¹-i^k-i的顺序，前者对后者为显性。

黄色子叶大豆与绿色子叶大豆杂交，第一代为黄色子叶，第二代分离为15（黄色子叶）∶1（绿色子叶），是两对基因遗传。凡是有D₁及D₂基因或者其中之一的，为黄色子叶，只有d₁d₁ d₂d₂基因型表现为绿色子叶，由于子叶已是子代个体，所以第一代植株上的豆粒即表现有分离现象。绿色子叶品种的豆荚内，会因与黄色子叶品种的花粉天然授粉杂交而出现个别黄子叶豆粒。另外子叶色还有细胞质遗传现象。

大豆三种结荚习性的基因型是：有限结荚习性dt₁dt₁，亚有限结荚习性Dt₂Dt₂，无限结荚习性Dt₁Dt₁dt₂dt₂。有限与无限结荚习性大豆杂交，第二代分离3（无限）∶1（有限）。

W₁为致紫花的显性基因，w₁为致白花基因，紫花大豆幼苗下胚轴为紫色，白花的为绿色，可作为幼苗时去杂的指示。大豆杂交时，以紫花豆为父本白花豆为母本，第一代幼苗下胚轴为紫色的才是真杂交种。

大豆茎、荚及叶上的茸毛，分棕色，灰白色两种。致棕色的显性基因T又能促成黑色或褐色种皮或脐的产生。t为致灰白毛基因，又能冲淡R致黑色的作用。因此，脐色淡的黄豆，大都为灰白毛。东北大豆主产区的品种，概为灰白色茸毛淡色脐。长江流域棕毛大豆品种占多数。大豆的脐色多为深褐色或黑色。

大豆的叶形主要分宽叶与长叶两类。宽叶大豆苗期较健壮，长叶大豆则透光性较好，而且多四粒荚。致宽叶基因为Ln，致长叶四粒荚基因为ln。杂合体Lnln为中间型。

大豆抗病性多属质量遗传。大豆细菌性斑疹病的隐性抗性基因是rxp，感病性基因是Rxp。大豆抗灰斑病的显性基因是Rcs，感病基因是rcs。已知此病菌有五个生理小种，各有抗性基因Rcs₁，Rcs₂等。北京小黑豆是最早发现的孢囊线虫抗源，具有rhg₁，rhg₂，rhg₃互补隐性抗性基因，及Rhg₄显性抗性基因。由于大豆的抗病遗传是少数基因的质量遗传，因此用回交法进行抗病育种十分有效。

R_ji为致正常生长根瘤的显性基因，r_ji为抗根瘤侵入因而不长根瘤的基因。

此外，带有隐性sb₁基因的大豆，成熟后不易炸荚，而带有Sb₁基因的易炸荚。带显性Ab基因的大豆成熟时的叶随之脱落，而带ab基因的，成熟后叶长期不落，不利收获脱粒。Se显性基因可产生长花序，se产生无梗或短梗花序。大豆雄性不育的隐性基因是ms₁，Ms₁为正常能育。以后又发现有ms₂，ms₃，ms₄，ms₅等雄性核不育基因。隐性基因fe可致大豆不能有效地吸取铁元素从而造成黄苗，Fe为致有效吸取铁的基因。显性基因Np能使大豆耐高量磷素，np对高量磷素敏感而使大豆受害。具有Ncl显性基因的大豆抗盐害，ncl基因致易受盐害。大豆蛋白质中的胰蛋白酶抑制素、外源凝集素，以及种皮中过氧化物酶的含量的高低及种类，在遗传上也属于质量遗传。

大豆有20对染色体，应有20个连锁遗传群，现已测知13个。第三连锁群的基因G（致绿色种皮）与基因d₁（致绿色子叶）有紧密的连锁（交换值只有4.2±0.6%），所以很少见到绿色子叶黄色种皮的大豆种粒。第七连锁群上，抗孢囊线虫病基因Rhg₄与使黑色或褐色在全种皮出现的基因i也有很近的连锁关系，因而很多抗病品种资源，属于黑豆或褐豆。

两个大豆品系之间，在某一个质量遗传的性状上对立不同，但所有其他基因型方面均相似，此对品系称等位基因系。例如经过回交选择，能得到在所有基因型方面相似，但一个具有不生根瘤的r_ji基因，一个具有能生根瘤的R_ji基因的一对根瘤菌着生等位基因系。这种材料在用作研究根瘤菌的固氨效能时，可排除因其他遗传背景不同而引起的干扰，现已得到三十五种以上性状的等位基因系。