根据甜菜种球单胚芽遗传性状，选育果实内只有一个种仁的品种的育种方法。单粒种甜菜是从多粒种甜菜中选择得来的，出现的频率为10^-4～10^-5，大约等于突变的频率。

1903年，美国T.G.帕尔默（Palmer）第一个记述了单粒种类型。30年代苏联首先找到了单粒种类型，50年代中期培育了第一个单粒品种。1950年美国V.F.塞维斯基（Savitsky）从“密执安杂种18”的品种中，分离出一株单粒种甜菜，经过培育和选择育成了艾斯艾尔西101（SLC101）单粒种品系，成为美国及西欧各国单粒种甜菜育种的基础。生产上，苏联、瑞典、美国、联邦德国、英国和波兰等国家基本上也实现了单粒种化。1975年，中国开始选育单粒种甜菜品种，至1983年选育出一批优良品系。

通常用纯系和集团选择两种方法，以优良多粒种品系和单粒种材料杂交，从杂种后代选择单粒性状，形成具有多种重要性状的自交系。选育甜菜单粒种雄性不育系的关键在于筛选保持系，通常是对普通遗传单粒种经济性状加以改良。方法有：①系统选择。可将混合选择、集团选择和单株选择相结合进行。一年生甜菜的选择目标是：幼苗生长快、叶寿命长、抗病性强、株形直立，根形好的植株作种根并进行单株检糖，以含糖率高者做育种材料；二年生甜菜应选择单粒性状好的植株自交或近亲繁殖。考种时，入选种球近似圆形、果盖不脱落、种仁大、发芽势强、发芽率高的单株做育种材料。这样经数代选择即可达到预期的效果。②回交转育。用优良的多粒种作轮回亲本回交：以单粒种为母本，优良的多粒种为父本，进行人工或自然杂交，杂种第一代进行自交，将分离出的单粒植株作母本，以原父本的自交后代作父本与其杂交，如此往复3～4次，即可达到改良经济性状的目的；用一代杂种作轮回亲本回交：此法和前一种方法基本相同，不同的是用杂种一代作轮回亲本，可提高回交后代中的单粒率，减少自交程序，缩短育种年限，但单粒种性状不易稳定；用单粒种作轮回亲本回交：以多粒种作母本，单粒种作父本，重复回交，可将单粒性状转移到优良的多粒种甜菜中去。

也可用γ射线、中子或X射线等辐射手段，照射单粒种种子或母根顶芽，以达到诱变改良其经济性状的目的。

普通杂交种：包括二倍体之间和二倍体与四倍体的杂交。以单粒种为母本，单粒种或多粒种为父本。亲本同是单粒种的，种子混收；父本是多粒种的，种子分收。母、父本之比一般3∶1，单收种子时，杂种占50%；雄性不育杂交种：母本应是二倍体或四倍体雄性不育单粒种，父本可以是单粒种或多粒种。单收母本种子，杂交率为100%。组合配制方式与普通杂交种相同。