胚根伸出种皮形成种子根或营养器官的生殖芽开始生长的现象。种子或芽若处于休眠状态，则必须解除休眠状态后才可能发芽。种子的发芽，一般都要经过吸水膨胀、萌动和发芽三个过程。在发芽过程中，常伴随着淀粉酶、呼吸氧化酶等酶系活性的加强，其中有些酶是在发芽时产生。

种子或有生殖功能的营养器官，其自身状况和收获、贮藏的时间与方法以及发芽过程中的外界条件，都是影响发芽的因素。而空气、水分和温度是发芽的主要条件。发芽时，种子的胚、营养器官的生殖芽和包被组织，都需要良好的通气状况以供给氧气。水稻等作物发芽时能利用水中的氧气，其它绝大多数作物则因水分过多而影响通气状况，不利于发芽。成熟的种子含水量较少，水分常是发芽的主要限制条件，只有吸收充足的水分才能满足生物化学过程的需要。酶的活性在一定温度下才能得到充分表现。在氧气和水分条件得到满足的情况下，温度又会成为限制因素。不同作物发芽的最低、最适和最高温度不同（见三基点温度）。有的作物需要每日恒温条件，另一些作物需要昼夜变温。有时不适宜的温度，还会引起酒精发酵和霉菌感染，以致造成种子霉烂坏死。另外，一些作物的种子发芽还和光照有关。如烟草等作物的种子，在有光照的条件下发芽良好，一些百合科药用作物的种子发芽需要黑暗条件。有的作物种子若无光的刺激则不能发芽。

作物播种前，选种和确定用种量要以发芽势和发芽率为重要依据。前者指各种作物种子在其特定的时间内能发芽的百分率；后者指能发芽的种子占全部供试种子的百分率。