甘蔗病害有120种以上，其病原有真菌、细菌、病毒、线虫和寄生性种子植物等。中国已发现甘蔗病害有50多种，其中对生产影响较大的有凤梨病、眼斑病、黄斑病、鞭黑穗病、赤腐病、花叶病、宿根滞顿病等。

中国各蔗区均有发生。贮藏期常因贮藏不当发生此病和黑腐病，造成烂窖。春植蔗蔗种未进行消毒，播种后若遇低温阴雨，此病常大发生，造成烂种死苗缺株。受害的蔗种或宿根蔗桩切口处变红，有凤梨（菠萝）香味，故称之。发病初期组织仍保持坚韧，其后切口处的组织变黑，内部组织变红。随着病程的进展，节间的薄壁组织逐渐败坏，呈煤黑色，最后节间内部的薄壁组织完全腐烂，蔗皮内仅剩下黑色发状的纤维和大量煤黑色的粉状物。病原菌的有性阶段和无性阶段，在中国的自然条件下均有发生。以菌丝体或厚垣孢子在土壤或病组织中越冬。厚垣孢子在土壤中存活期可达4年之久，在适宜条件下遇到寄主即萌发由伤口侵入；窖藏期通过接触传染，在田间通过气流、灌溉水、田鼠和昆虫携带传病。防治凤梨病应防止烂窖和烂种死苗。防止烂窖，主要采用适时收获，蔗种入窖前勿遭受霜冻，一般要求贮藏温度保持在8～12℃，湿度在85%左右为宜；防止烂种死苗，需选用无病蔗种，按浸种、消毒、催芽顺序处理。栽培措施，主要采取适时播种，地膜覆盖，防止低温，播种前后保证蔗田有适当的湿度，实行水旱轮作。

又称眼点病。在中国台湾、广东和云南省等局部地区曾严重发生，造成较大损失。主要为害甘蔗叶和蔗茎顶部。在叶片上为长梭形病斑，其长轴与叶脉平行，病斑中央褐色，周围有一草黄色狭窄晕圈，形似眼睛，故称。病斑继续延伸，形成与叶脉平行的坏死条斑，最后许多病斑相结合，叶片组织大面积枯死。感病品种在适于发病的条件下，嫩叶、嫩茎发病很快枯死，从而发生梢腐，整块蔗园由正常绿色变成红褐色。病菌只产生分生孢子，在终年种蔗的地区，田间病株上的分生孢子是再侵染的主要菌源；分生孢子耐旱性强，能在叶片上渡过干旱季节，气候适宜时再萌发侵染甘蔗，病蔗残叶也会传病。分生孢子主要由气流传播。在气温20～28℃，相对湿度高时利于发病。品种间的抗病性差异明显，选用抗病品种是防治此病最经济有效的方法，同时要加强肥水管理，防止蔗田积水，增施磷、钾肥，避免偏施氮肥，可减轻发病。

又称赤斑病。是甘蔗叶斑病类中为害最大的病害。此病为害嫩叶，发病严重时远望蔗田呈现一片黄色，植株生长停滞，最显著的症状是在叶片上出现大小不一，病斑边缘不明显的黄色病斑而得名。黄斑出现后不久，病斑中央出现赤红色小点，并逐渐扩大，使整个叶片呈赤红色，又称赤斑病。通常黄斑与赤斑杂生；严重的全叶呈赤黄色，随后叶片未达成熟即枯萎死亡。病菌以菌丝体在病叶组织中越冬，当环境条件适宜时在病部产生分生孢子。选用抗病品种是最有效的防治措施。加强栽培管理，及时排除积水，注意氮、磷、钾合理配合，增强抗病能力，必要时可在叶片上进行药剂防治。甘蔗收获后，应清理病株残叶，就地烧毁。

又称黑穗病、黑粉病。中国各蔗区都有发生，竹蔗发生最严重，台糖134也普遍发病，尤其宿根蔗发病更重。主要症状为蔗茎的心叶伸长成一条黑色鞭状物（称黑穗鞭），长数厘米到数十厘米，短鞭直或稍弯曲，长则向下卷曲。黑穗鞭不分枝，内部为一条心柱，柱外面附着一层黑色厚壁的冬孢子层，孢子层外覆盖一层银白色薄膜（寄主的表皮组织）。随着冬孢子的成熟，薄膜破裂成网络状，尔后完全破裂，散发出黑粉状冬孢子随气流飘散，最后除基部外只剩下褐色的心柱。病菌的冬孢子近圆形，黑褐色，单胞，表面有细刺状突起，在中国台湾省曾发现这一病原菌有两个生理小种，其形态无甚区别，但致病力不同。此病初侵染源主要是带病的蔗种，还有感病的宿根蔗、带菌的土壤和受侵染的杂草。防治此病主要是选用抗病品种。在种植感病品种的情况下，实行一年以上的轮作，种植无病蔗种，并用热处理或药剂消毒种苗，以消灭蔗种上的病菌，及时拔除烧毁病株，病区不留宿根或减少宿根年限，增加新植蔗面积等。

是分布最广泛的甘蔗病害之一。中国台湾省曾因种植感病品种玫瑰竹蔗造成严重损失，其他蔗区也有发生，主要为害蔗茎及叶片的中脉，蔗茎受害初期，外部症状不明显，剖开蔗茎可见内部组织变红，在红色病部内杂有长圆形的横向白斑。赤腐病的赤斑可蔓延到蔗茎的多个节间，叶片受害后在中脉上初生红色小点，进而沿中脉伸长，成长条形赤斑后期中央变成枯白色，并散生许多黑色小点，为病菌的分生孢子盘。病原菌的无性阶段是此病初侵染的主要菌源。典型的分生孢子为单胞、透明、新月形；分生孢子盘上生有暗褐色具隔膜的刚毛。有性阶段在台湾、福建省均有发现，但少见。病菌主要以分生孢子盘和菌丝体在枯叶、宿根或蔗渣中越冬，以分生孢子作初侵染和再侵染，多从螟害孔口和机械损伤处侵入蔗茎，由叶蝉造成的伤口侵入中脉。防治措施是利用抗病品种，选用无病蔗种，进行蔗种消毒，实行轮作，加强栽培管理，注意防治蔗螟和叶蝉等害虫。

几乎分布于世界所有甘蔗产区。中国的台湾、福建、广东、广西、贵州、云南、四川、浙江和江西等省（自治区）均有发生。其病原为甘蔗花叶病毒Sugarcane mosaic virus Brandes，病毒的致病力分化为许多株系，不同地区株系不同，因此品种的抗病性可因地区不同而异。花叶病为系统性病害。叶片上症状明显，常有不规则的、纵向的褪绿花叶，颜色由浅绿至黄色或白色。症状因甘蔗品种或病毒株系不同而异。在叶鞘上的症状与叶片相似，但较不明显，有些感病品种在蔗茎上产生条纹或溃疡斑，发病蔗株矮化，分蘖减少。病毒主要由带病蔗种和数种蚜虫传播，属非持久性。机械摩擦也能传毒。潜育期6～30天，平均10天左右。病毒寄主除甘蔗外，还有玉米、高粱、谷子、大麦、小麦、黑麦和一些杂草。种和品种间的抗性差异显著。热带种高度感病，印度种和大茎野生种感病，中国种和割手密野生种高度抗病或免疫。苗期比成株期易感病，尤以二叶期为甚。高温和少雨天气有利于传病昆虫活动，能促进病害的传播蔓延。防治方法主要是选用抗病品种，或无病蔗种，防止砍种蔗刀传毒。加强栽培管理，及时清除田间杂草，控制介体昆虫迁飞活动，防止田间病害蔓延。

也称滞顿病，此病最初在1944～1945年间发现于澳洲昆士兰Q28品种的宿根蔗上，随后遍及世界甘蔗产区。中国的台湾省曾造成严重损失。病株茎小矮化，生长停滞，宿根蔗尤甚。剖开成熟的蔗茎节部，维管束呈橙黄色，而幼茎节部组织则呈粉红色。其病原尚未定论，病原主要通过蔗种和机械接触传染。在防治上着重抓种苗检疫和选用抗病品种。