水稻种子在播种自动线上，由机械播在育秧盘内，在塑料薄膜大棚或拱棚内进行育秧的方法。此法省工、省肥、省水、省种，便于实行集中育秧，集中供秧；秧苗整齐均匀，适于与机械插秧配套，实行水稻机械化栽培。日本在20世纪60年代研究成功，70年代在全国推广普及。中国吉林、江苏等省70年代后期引进设备，进行试验推广。台湾省1973年开始建立工厂化育秧中心，1982年已建900余处。

工厂化育秧一般采用盘式有土育秧，秧盘多用塑料制成，塑料秧盘长60厘米，宽30厘米，底部有孔，床土用硝基腐殖酸、硫酸等调酸，并经过调制的结构良好、养分齐全、pH值5.5～6.0的特制土壤。种子经过脱芒、选种、浸种消毒、催芽、脱水后播种。盘式育秧宜育小苗与中苗，小苗株高8～13厘米，叶龄1.5～2.5；中苗株高13～18厘米，叶龄3.5～5。育小苗每公顷本田需秧盘270～300个，每盘播种200克左右；中苗450个左右，每盘播种100克左右。育秧过程分两段：第一段在作业大棚中进行，棚内设有催芽器、播种自动线和出苗室。通过自控电热器和喷水装置，使催芽器保持水温32℃，吸足水分的种子经一昼夜，芽可长至1～2毫米，脱水后播种。装土、浇水、播种、覆土由机械作业一次完成，运进出苗室，由自动电热器蒸汽加温，保持室内温度30～32℃，48小时后降为25℃，再过24小时幼苗出土1～1.5厘米可移出至大棚绿化。第二阶段绿化炼苗。开始5～7天，白天温度保持25～30℃，晚间不低于5℃，适当浇水。秧苗绿化后进入炼苗期，白天控制温度25℃，夜间不低于5～7℃，经通风炼苗逐渐接近外界自然温度，并喷施肥水。中苗育秧期约28～30天，小苗18～20天。

工厂化育秧初置设备费用高，盘土制备手续较繁，又因播种量大，对移栽时期要求严格，因而推广应用上受到限制。吉林及江苏省经研究改进为简易工厂化育秧，将各种育秧设备适当简化，推广钙塑秧盘衬套，使成本降低。