由真菌、线虫、细菌、病毒的侵染，造成对黄麻的为害，也有由菟丝子诱致的病害或由不利环境条件造成的生理性病害。已发现的黄麻病害有20多种。

立枯病Thanatephorus cucumeris，无性阶段Rhi-zoctonia solani，是黄麻苗期普遍发生且严重的一种病害，造成大量死苗；在中后期也能引起茎基部和根系不同程度的腐烂，尤其在连续阴雨时为害更甚。苗枯病4lternariasp.，在中国麻区普遍发生，可诱致麻苗根腐与叶枯。其为害程度一般没有立枯病严重，但在春寒多雨年份也会造成大量死苗。炭疽病Colletotri-chum corchorum和黑点炭疽病C.glveosporioidts，前者发生于圆果种黄麻，后者主要发生于长果种黄麻。在整个生育期间都能为害，当外界条件有利发病时，往往流行成灾。枯腐病Macrophomina pha-seolina又称茎点枯病，在中国、日本、印度、巴基斯坦和孟加拉等国分布较普遍，常使麻苗成片死亡或成株茎秆及根部腐烂枯死。黑枯病Diplodia corchori又名茎腐病，在中国、印度和孟加拉等国局部麻区零星发生，被害麻茎产生的黑褐色病斑并环绕茎部，使全株迅速枯死。枯萎病Fusarium semitectum，在中国浙江省俗称“青枯病”，为害长果种黄麻。苗期就可感染，出现叶片褪绿、萎垂症状，终致枯死。叶枯病Helmin-thosporium corchorum，主要发生于圆果种黄麻，被害严重的叶片多干枯早落，且在脱落时常搭附茎上引起茎斑，俗称“搭叶烂”。茎斑病Cercospora corchori是长果种黄麻普遍发生的一种病害，自苗期至收获期地上部分都可受害，对纤维产量和品质影响颇大。根结线虫病Meloidogyne sp.是老麻地常见的一种病害，被感染的麻根产生许多大小不等的瘤状物，使根的吸收功能受阻，引起叶黄、株矮、生育不良，而且还易遭受土壤某些菌类的侵染引起根腐，加速麻株死亡。病原线虫有南方根结线虫M.incognita，爪哇根结线虫M.javanica和北方根结线虫M.hapla。细菌性斑点病Xanthomonas nakatae，是圆果种黄麻上常见的一种病害，主要为害叶部，严重时引起大量脱叶。金边叶病（生理性缺钾症），一般在生长中期开始发病，叶缘变黄，主脉两侧呈现黄斑，严重时引起大量叶片变黄早落。

此外，还有茎腐病Corynespora cassiicoia、叶斑病Myrothecium roridium、灰星病Tubercularia abutilonis、白粉病Sphaerotheca tuliginea、白绢病Pellicularia rolfsii、胴枯病Ascochyta corchori、斑点病Phyllosticta corchori、根腐病Papulospora sp.、茎瘤病Physoderma corchori、萎蔫病Fusarium so-lani和青枯病Pseudomonas solanacearum等。

黄麻病害的初次侵染来源主要是带病（菌）种子及残留土中的病组织，而带病（菌）种子又是远距离传播病害的主要根源，有些病原物如立枯病菌、枯腐病菌、根结线虫等，寄主范围都很广，麻地周围的感病植物都可成为初次侵染源。病害的重复侵染主要有两种途径。一种是气传为主的，如炭疽病、苗枯病、叶枯病和茎斑病等；一种是土传为主的，如立枯病、枯腐病、根结线虫病等。此外，枯萎病的初次侵染来源为带菌种子和病土，黄花叶病为带病毒的粉虱。

选育抗病高产品种和选留无病饱满种子是防治黄麻病害的根本措施。种子应进行消毒处理，苗期辅以药液喷浇（淋洒），积极推行水旱轮作，深耕改土，多施有机质肥，适时、适量施用氮肥并配施磷钾肥，可减轻发病。