棉株在生育过程中，受寄生物的侵袭或某些不良环境因素的影响，使正常的生理机能受到破坏而造成减产和纤维品质下降。其中由寄生物引起的侵染性病害是主要的，少数是不良环境因素引起的生理性病害。寄生物有真菌、细菌、线虫、病毒和类菌质体，以前三者为主，其中又以真菌引起的病害最多，也最严重。棉花病害在世界各产棉国普遍发生。美国1956～1980年统计，每年由于棉花病害造成的损失，平均约为皮棉总产的12.8%。苏联常年因病害损失子棉50万～60万吨。中国仅枯萎病和黄萎病为害，每年损失皮棉7.5万～10万吨。

中国的棉田大都多年连作，特别从改种陆地棉以来，多次国外引种和各产棉区间的大量调种，由于过去忽视对带菌种子的严格检疫，致使病害日益蔓延。已记载的棉病有40多种，其中苗期和铃期病害比较普遍；枯萎病和黄萎病在不少地区已造成较大损失，茎枯病在低温、多雨年份常突发流行，红叶茎枯病在高温、干旱和土壤瘠薄地区引起生理性早衰；角斑病主要在海岛棉上发生。

中国棉区的苗期病害多发生在4月至5月间，发病率一般在50%以上，死苗率为5～10%；低温、多雨年份则更为严重。已发现的棉苗病害有20多种，因为害部位不同，分为根病与叶病两种。根病常导致出苗前的烂子、烂芽和出苗后的根腐或茎基腐，是造成棉田缺苗断垄的主要原因。主要病原菌有：立枯病Rhi-zoctonia solani、炭疽病Glomerella gossypii、红腐病Fusarium spp.、猝倒病Pythium aphanider-matum，P.debaryanum、黑根腐病Thielaviopsis basicolaol、白绢病Sclerotium rolfsii和枯腐病Macrophomina phaseoli等。叶病为害棉苗的子叶、真叶和茎，严重时茎顶端和叶片凋枯脱落。主要病原菌有：轮纹斑病Alternaria spp.、茎枯病Asco-chyta gossypii、疫病Phytophthora boehmeriae、褐斑病Phyllosticta malkoffii，P.gossypina、印度炭疽病Colletotrichum indicum和角斑病Xantho-monas campestris pv malvacearum等，炭疽病和红腐病菌也为害子叶。由于自然条件的差异，各地苗病发生情况不尽相同。除立枯病普遍发生外，北方棉区红腐病和猝倒病比南方重，南方棉区炭疽病较普遍，还时有苗疫病流行。防治苗病的措施主要是精选种子，播种前进行种子处理及土壤处理（见棉花播种）。

世界棉花生产上的严重病害，在中国已遍及21个省（自治区）、市，发病面积约占棉田面积的31%。枯萎病的发病始期为子叶期，发病盛期在现蕾前后；黄萎病发病始期在3～5片真叶期，发病盛期在花蕾期。二者的病症有所不同（见表）。

棉花枯萎病和黄萎病的症状

枯萎病是由尖孢镰刀菌萎蔫专化型 Fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum引起的。除棉花外，还为害秋葵和决明等植物；约有40多种植物是此菌的寄主或宿主。不同的菌系对不同棉种及品种致病力有差异，从而可区分为不同的生理型或生理小种。世界上已报道枯萎病菌有6个生理小种，中国初步分为3个生理型。弄清病菌的生理类型，有利于品种的合理布局和抗病品种的选育。

病菌的变异性较大。美国报道有4个生理型，主要为SS-4型（非落叶型）和T-1型（落叶型）；苏联报道有5个生理小种；中国初步分为3个生理型，以生理型Ⅰ致病力较强；江苏省局部病区还发现致病力强的落叶型的菌系。大丽轮枝菌的寄主范围较广，能侵染40科160多种植物。

枯萎病和黄萎病是土壤传染的病害，与线虫有密切关系。线虫为害根尖，为病菌入侵根部创造了条件，诱致病害严重发生，称为枯（黄）萎-线虫复合症。所以，种植抗线虫品种或使用杀线虫药剂，能减轻枯、黄萎病的发生。

防治枯萎病和黄萎病，在无病区要加强检疫，防止带病种子和棉子饼调运，建立无病良种繁育基地，对引种的种子应消毒杀菌。在轻病区，实行病田轮作换茬。在北方棉区换种小麦和玉米等3～5年；南方棉区实行稻棉轮作。在重病区，种植抗病品种是一项有效的措施（见棉花抗病育种）：增施基肥和磷、钾肥，用黑麦、豌豆和芥菜等作绿肥，对减轻黄萎病也有一定作用。

细菌性病害，广泛分布于各产棉国。中国以海岛棉品种上发生较多；在某些年份遇到台风暴风，陆地棉品种也会严重发病，为害枝、叶和棉铃。种子用硫酸脱绒处理和清洁棉田可以减少传播与为害。在角斑病发生较普遍的非洲和美洲，已广泛种植抗病品种。