棉属中具有一定遗传特点的栽培种、半野生种、野生种及其近缘植物的统称。是棉花品种选育的原始材料，也是研究棉属遗传、进化和分类的基本材料。

生产上要求选育具有优质、高产、抗病等综合优良性状的棉花新品种，首先须有丰富的种质资源为其育种工作提供原始材料。在长期育种工作中，由于对一些性状选择或淘汰不当，致使一些有用的种质资源流失。生产上由于棉种或品种更换，有些品种不再种植，因保管不善而丧失发芽力，也使一些有用的种质资源丢失。因此，广泛搜集、研究和保存棉花种质资源，防止流失和损失，并鉴定各种性状的利用价值，这是棉花育种工作中一项重要的基础工作。

一般分为5种：①推广品种。生产上正在应用的品种。一般具有许多优良的性状，可供进一步选育新品种利用。②过时的栽培棉种和品种。以往在生产上曾经推广过，但以后被淘汰的栽培棉种或品种，往往具有个别未曾被利用的性状。例如亚洲棉和草棉现在已很少种植，但它们都具有一些优良的抗性可供利用。③引进品种。引进的国外品种或品系，有的虽不能直接应用于生产，但它们各具特点，而且经过引种驯化，很可能出现新的变异类型，可供育种利用。20世纪50年代以来，中国从美国引进的岱字棉15，在长江、黄河流域等棉区推广，从中选育出不少优良品种，如洞庭1号、沪棉204、中棉所2号、3号等。④半野生棉种和野生棉种。陆地棉中有一些半野生棉种系，如墨西哥棉、尤卡坦棉等；二倍体野生棉种，如瑟伯氏棉、辣根棉、哈克尼西棉、雷蒙德氏棉、比克棉等；四倍体野生棉种，如夏威夷棉等，具抗病、抗虫和抗逆性以及优良的纤维品质等性状，都是可供育种利用的资源。栽培棉种与半野生棉种或野生棉种以及野生棉种间所产生的远缘杂种后代，也都是可供利用的种质资源。⑤棉属近缘植物。与棉属相近的锦葵科中一些植物所具有的某些优良性状，将来也可能通过生物技术在棉花育种中得到利用。

世界主要产棉国均十分重视棉花种质资源工作。联合国粮农组织植物种质资源委员会（IBPGR）专门设有棉属资源工作组。美国从20世纪初就开始到墨西哥、危地马拉等地考察，搜集棉花种质资源，并广泛搜集各种育种材料，分别保存在密西西比州斯通维尔地区三角洲试验站、得克萨斯州农工大学试验站和亚利桑那州棉花研究中心。苏联也多次去中南美洲考察，搜集了大量的棉花种质资源，分别保存在全苏植物栽培研究所中亚分所、乌兹别克科学院实验植物研究所和塔什干大学。印度、埃及、法国等也都设有专门研究单位和种子库，搜集和保存棉花种质资源。

中国对棉花种质资源也早已进行搜集和保存。1949年以前主要搜集国内的中棉品种和引进一些陆地棉品种。50年代以后，多次在全国范围内广泛搜集中棉和陆地棉栽培品种，并从国外大量引种。70～80年代前后几次赴墨西哥、美国、法国、澳大利亚等国考察，除了广泛搜集一般品种和品系外，重点搜集棉属野生种、半野生种及一些遗传标记品系。到1984年止，共搜集保存棉花种质资源4800多份。为了保持种质材料的生活力和纯度，一般材料每隔两年种植一次，开花期间进行人工自交，并严格执行分收、分晒、分藏，防止混杂。棉花种质资源分别保存在中国农业科学院棉花研究所和中国农业科学院作物品种资源研究所。对于短日性敏感的野生棉种和半野生棉种，为了长期保存活体，在海南省崖县设有专门种植园进行保存。此外，由于生态条件的不同，在江苏、辽宁和新疆等省（自治区）的棉花科学研究单位也分别保存部分材料，以供研究利用。

搜集到的各种类型的种质资源，首先需要进行整理和分类，观察研究各个材料的植物学性状、农艺性状和经济性状，而后再进行单项性状的鉴定。例如抗病、抗虫、抗旱、抗盐碱、耐湿、耐肥以及纤维品质等性状的鉴定，分析比较其遗传和生理特性。根据研究鉴定的结果，把种质材料分为若干类群，以便进一步深入研究和利用。例如，对各种棉花种质资源可以通过枯萎病抗性鉴定，把大量材料按它们的抗性表现划分为高抗、中抗、感病等类群，从而选用其中高抗的材料作为抗枯萎病育种的杂交亲本。