选育棉子的种仁中含低棉酚、高油脂或高蛋白质，且纤维产量和品质较高的新品种。棉子种仁含有丰富的油脂、蛋白质及多种维生素等，是重要的营养食品和饲料资源。但种仁所含的棉酚具有一定的毒性，不宜直接作为食品或饲料。因此，棉子的品质育种目标是选育低酚（棉酚含量低于国际卫生标准所规定的0.02～0.04%）、高油脂、高蛋白质或含某种营养成分的品种，以提高棉子的营养价值和加工利用效率。

棉花的茎、叶、蕾、铃和种子一般都有褐色点状的色素腺体。腺体中含有棉酚（见棉酚）。陆地棉棉子种仁含有1～2%棉酚，能使人和单胃动物中毒。利用物理、化学处理方法脱酚，虽可解除毒性，但增加了工序和成本，并在一定程度上破坏了一些营养成分，故低酚棉育种对提高棉子的利用具有重要的意义。1959年，美国从半野生的霍皮棉（G.hirsutum L.var.punctatum）中获得棉子无腺体突变体，通过杂交转育，于1965年首次育成低酚棉花品种23B。1966年埃及育种家从辐射处理的埃及棉材料中选育出低酚棉品系巴蒂姆110（Bahtim 110）。此后，法国、印度、科特迪瓦、马里等国，均开展了低酚棉育种工作，并育成品种应用于生产。中国自1972年引进低酚棉品种（系）以来，也育成了一些新品种（系），皮棉产量一般接近推广品种，棉子中棉酚含量低于国际卫生标准。

研究表明，无腺体性状由6个作用不同的隐性基因gl₁～gl₆所控制，其中gl₂和gl₃是主基因，这两对基因结合，并在其它修饰基因作用下，可使棉株各器官均无腺体。选育低酚棉品种主要是将gl2和gl₃通过回交转育给优良品种。由于低酚棉品种的茎、叶、花蕾等器官因失去腺体而在一定程度上减弱了对虫害和啮齿动物以及不良环境的抵抗能力。因此，理想的低酚棉品种是茎、叶及花蕾有腺体，而种子无腺体。

棉花不同种和品种的种子含油率不同。在栽培棉种中，以海岛棉种子含油率最高（17～21%），陆地棉次之（18～20%），亚洲棉和非洲棉较低（14～17%）。陆地棉不同品种种子含油脂量也有差异，一般子指大、种仁大的种子及光子品种的含油率较高。采取连续选择的方法，通过选择种子大、种壳薄（即种仁率高），且种仁油脂含量高的性状，可提高种子油脂的含量。由于种子含油量与皮棉产量之间没有显著的相关，选择高油脂性状不会影响纤维的产量和质量。在高油分育种中，注意增加亚油酸等不饱和酸的含量，可提高棉子油的食用价值。

不同棉种和品种的种子蛋白质含量不同。海岛棉为19～23%，陆地棉为17～22%。选育高蛋白质品种，宜筛选高蛋白质的种质资源，采用杂交和定向选择的方法，并且从早代材料就进行蛋白质含量的测定。棉花种子的种仁蛋白质含量受环境条件影响小，与皮棉产量之间也没有显著的相关，这些都是选育高蛋白质品种的有利条件。但种仁中含蛋白质率与含油率具有高度的负相关，因此，对这两个性状选育方向应有所不同，对同一材料不能同时兼顾。