在甜菜植株生长过程中，由真菌、细菌和病毒引起的为害。世界甜菜主产区，甜菜主要病害有立枯病、褐斑病、黄化毒病、白粉病和根腐病等。由于病害影响，中国一般年份甜菜减产10～15%，糖分下降1°～3°。因气候和区域不同，其病害种类，为害程度均有差异。

立枯病是甜菜苗期病害的总称，中国甜菜产区均有发生，东北、西北地区较重，发病率在10～15%，病原菌有5种：丝核菌Rhizoctonia solani、镰刀菌Fusarium spp.、猝倒病菌Pythium de baryanum、蛇眼病菌Phoma betae和苗腐病菌Aphanomyces co chlioides。病症是在子叶轴上生有水渍状病痕，发病部位变细，产生绞缢，最后变黑，倒伏死亡。温度低、湿度大、土质粘重和排水不良易发病，土壤湿度越大感病越严重。需选用排水良好的平川地或平岗地种甜菜，并及时中耕，增施磷肥，提高抗病力。播前药剂拌种，防治效果显著。

褐斑病Cercospora beticola中国东北地区，内蒙古自治区西部、河北省、山东省等地发生严重，减产10～20%，糖分降低1°～3°。发病初期叶部呈紫褐色不规则病斑，后期呈灰白色。相对湿度98%，旬平均气温19～25℃之间，每旬降水量大于20毫米的条件下，发病严重。联邦德国H.C.瓦特森（Waltzien）报道，在6月至9月份甜菜生长期间，气温超过20℃，月降水量超过100毫米，该病要大流行。防治措施，选用抗病品种，实行4～5年以上轮作，当田间发病株达10%左右，用化学药剂防治2～4次。

黄化毒病Corium betae，中国主要分布在西北和华北地区。发病率为50～60%，糖分降低2°～4°，减产20～30%。发病叶片全叶变黄，叶脉保持绿色，叶片变厚发脆，手握易碎，8月中旬至9月中旬为流行期，主要借助桃蚜、豆蚜和甜菜蚜传播。主要侵染源是带毒种株，以及藜科杂草等。选用抗病品种，采种区和原料区隔离3千米以上，铲除杂草，减少蚜源、毒源，当蚜虫未迁飞至甜菜地之前，喷洒内吸性药剂，有良好的效果。

白粉病Erysiphe communis f.betae，中国主要分布在新疆维吾尔自治区、内蒙古自治区河套区域，发病率50～90%，减产10～20%，糖分下降0.5°～1.2°。发病叶片有白色绒状病斑，后期呈白粉层，白粉层中子囊球由黄变褐、变黑，感病叶片枯死。7月至8月份气温在20～26℃相对湿度65%以下，易于蔓延和流行。宜选用抗病品种，5年以上轮作，及时用有机硫药剂防治。

根腐病是由多种真菌和细菌引起的腐烂病，有镰刀菌根腐病Fusarium spp.、丝核菌根腐病Rhizoc-tonia solani，细菌性根尾腐烂病有Bacillus betae、Bacillus lacerans和Bacillus bussei，引起根部腐烂。根腐病在中国东北地区、内蒙古自治区东部等局部地区发生严重，一般减产10%以上。7月至8月高温多湿，排水不良发病严重，8月下旬停止蔓延。根腐病是土壤传染病害，选用土壤疏松，排水良好的平川地，轮作周期5～8年，增施磷肥，深松耕地25厘米以上，可以减轻为害。