烟草分布地域广，病害多，一些严重病害难以和不宜用药剂防治，选育抗病品种是经济有效的防病途径。20世纪40年代以来烟草育种，实际上是以抗病育种为中心展开的。

早期，由于受栽培种内抗源的限制，育种成效不大。后来，发现烟属中一些野生种对各种病害的抗性，扩充了抗源，使育种工作有了新的进展，通过种间杂交，选育出优质、高产、抗病的品种。60年代，美国从单一抗性向多抗性发展，当时育成的NC95和SpeightG₂₈都能兼抗黑胫病、青枯病、根结线虫病并耐赤星病。

50年代初，中国通过对国外引进品种的鉴定，选用了抗黑胫病的牛津一号（Oxford-1）和牛津4号（Ox-ford-4）。在广泛征集烟草地方品种的基础上，先后鉴定并选出一些抗病的地方品种，如抗黑胫病的大平板、大金星，对白粉病免疫的晒烟品种塘蓬，抗赤星病的净叶黄等，为抗病育种提供了种质资源。通过品种间杂交，在1960年前后育成了抗黑胫病的黔福1号和抗普通烟草花叶病的辽烟1号等，随后又陆续育成许金1号、春雷3号、革新3号、辽烟8号等抗病品种。

包括普通烟种内抗源和烟属野生种的抗源。早期利用普通烟草种内抗病性的例子，是从两个雪茄烟品种的杂交后代中选出抗黑胫病的弗洛里德301（Flo-rida 301）。为了扩充抗源，从中南美洲安第斯山脉搜集了许多古老的原始类型，发现一些重要的抗病材料，如抗青枯病的TI 448A，抗根结线虫病的TI 706，抗普通烟草花叶病的Ambalema等。但是由于这些抗病材料只有中等抗病性，而且产量低、烟叶品质差，以它们为亲本育成的品种，大多农艺性状较差，如抗黑胫病的牛津1号、牛津2号、牛津3号、牛津4号、维斯塔47（Vesta 47）、维斯塔64和迪克西·布赖特101（Dixie Bright 101）等。贵州春雷3号也是上述材料的间接后裔。遗传学研究表明，来源于普通烟草种内的抗病材料，除Ambalema的花叶病抗性受两个隐性重叠基因支配外，其余材料的抗性多是受多基因支配的数量性状，抗病基因常与低产、劣质基因存在连锁关系。

为了克服普通烟草种内抗病性差的缺点，将发掘抗源的工作转向烟属的某些野生种。烟属的野生种中，许多具有由显性单基因支配的抗病性，而且许多是免疫型的或高抗型的。首先获得成功的例子是将N.gluti-nosa L.由显性单基因支配的抗普通烟草花叶病的性能（枯斑反应）转移给香料烟品种沙姆逊（Samsun），后又将沙姆逊的显性单基因抗性转移给“KY”号系列的白肋烟品种，KY56是其中的一个。抗普通烟草花叶病的品种辽烟8号等，就是以KY56为亲本育成的。美国已鉴定的烟草属60多个种中，有54个种对某些烟草病害具有抗性，有的已转移到普通烟草并选出烟草栽培品种，如N.longiflora Cavanilles抗野火病和角斑病，N.repanda抗花叶病，N.debneyi Domin抗根黑腐病和霜霉病，N.plumbaginifolia Viviani抗黑胫病，N.megalosiphon Heurck and Mueller抗根结线虫病等。

回交是转移抗病性的最有效方法。由于野生种与普通烟草亲缘关系远，往往杂种不育，需将种间杂种加倍成双倍体，使杂种可育，然后用普通烟草作为回交亲本连续同杂种回交，直到回交子代恢复了普通烟草固有的农艺性状，并表达新获得的抗病性为止。一般种间回交需要进行8～10次。如果需要转移的抗病性属于隐性遗传，应使每次回交的子代自交一次，等抗病的隐性纯合体在自交子代群体内分离出来后，才能把它们选出与普通烟草回交。

抗病性在普通烟草种内的回交转移，比种间转移简单，因为没有杂交不孕和杂种不育的问题，亲本之间共同点多，回交子代容易恢复回交亲本的性状，常只需回交三四次，就可自交分离。由于普通烟草的抗病性常是受多基因支配的，易与低产、劣质基因连锁。因此回交过程中必须在保持抗病性的同时，重视对回交子代的产量和品质的选择。

选育材料的抗病性鉴定，通常是采用筛选法，将它们栽培在人工接种或自然发病的环境内，直接经受病害的检验。为使抗病鉴定结果准确并缩短育种年限，可把抗病鉴定工作置于人工控制的温室内进行，一年鉴定几次，结果可靠，而且便于作多抗性的选育与鉴定。