烟草容易发生种子混杂和杂交变异，导致种性退化，须在种子繁殖中采用科学的技术措施和管理制度，才能保持良种种性，为生产提供优质种子，充分发挥良种的经济效益。

世界烟草生产国一般建立各自的良种繁育体制。多数国家实行严格管理的种子生产专业化，农户不自行留种。种子繁殖单位或个人要经批准，持有经营证书才能繁殖，并有种子质量检验制度。美国一般由育种者提供已注册的纯原种，由作物改良协会售给持有证书的种子生产者，种子检验合格后，供农户选购。加拿大规定烟农不得自留种子，否则不收购烟叶。

1949年后，中国在选育和推广优良品种的同时，注意种子工作的组织管理，加强良种繁育技术指导，多数烟草产区都建立种子生产基地，由特约基层单位繁殖种子。1985年，国家烟草主管部门颁发烟草种子管理办法，规定良种审定制度，建立中央、省、县三级良种繁育体制，实行“原种”、“良种”两步繁育方法。原种委托烟草研究机构或原种场繁育，专供繁殖良种之用；良种由省主管部门的特约基地或良种场繁殖，以县为单位统一供种。

烟草种子小，繁殖系数大，良种繁育步骤较简单。原种宜用两年一圃制的分系选择法产生，即第一年广泛选择单株，第二年设株行圃分系比较，选择具有良种典型性并整齐一致的株行，套袋自交，采种后混合即为原种。

原种用于种子田，繁殖生产用的种子。种子田面积一般为烟田面积的0.05～0.1%。不同品种的种子田应保持500米以上的距离隔离，防止天然杂交。采用良好栽培管理措施，减少密度，增施肥料，防病治虫，延迟采收并保留部分上部叶片。开花前严格去杂去劣，不符品种典型性的须及早打顶。留种烟株须疏花疏果。大约半数蒴果呈褐色时，采收果穗晒晾，干燥后脱粒精选。通常1公顷种子田可收精选优质种子80千克以上。

原种和良种繁殖过程，须进行田间检验和种子质量检验。种子贮存室须保持干燥和低温。种子发放应按区域化规定，未经检验及不合格的种子不得在生产上使用。

种子质量标准：原种纯度99.9%，净度99%，发芽率95%以上，含水量不超过9%，籽粒饱满，褐色，有油光，色泽一致；良种按质量分为两级。一级种子纯度99%，净度98%，发芽率90%以上，含水量不超过9%，籽粒饱满、色泽一致。二级种子纯度99%，净度98%，发芽率80%以上，含水量不超过9%，色泽稍差。