苎麻生长发育过程中，受线虫、真菌和细菌侵害，影响苎麻正常的生长发育，导致产量下降、纤维品质降低。苎麻根腐线虫病Pratylenchus penetrans是导致苎麻败蔸减产的一种主要病害。中国各麻区均有分布。以长江流域麻区发病最重。发病初期，根部病斑为不规则黑褐色小斑，稍凹陷，后扩大为黑褐色大斑，向内一直侵及木质部，朽成黑褐色海绵状。
是导致苎麻败蔸减产的一种主要病害。中国各麻区均有分布。以长江流域麻区发病最重。发病初期，根部病斑为不规则黑褐色小斑，稍凹陷，后扩大为黑褐色大斑，向内一直侵及木质部，朽成黑褐色海绵状。被害麻蔸地上部分株减少，麻株矮小，叶片发黄，外表似缺肥症状，严重时麻株枯死。麻蔸和土壤带虫是该病的初侵虫源。土质疏松、施土杂肥多、麻龄较长以及地下害虫为害严重的麻地，发病较重。种植抗病品种，用杀线剂处理病土及45～46℃温水或杀线剂浸泡病蔸等可防治。
在中国各麻区都有发生。日本、越南、印度和菲律宾也有为害。被害麻蔸缠绕着白色棉絮状菌丝，表层发黑，肉质变红，病重时木质部完全消失，变成空腔。地上部生长衰弱，分株减少，严重时枯死。病菌在麻蔸和土中残株上越冬，随土壤和病蔸传播。该菌属兼性寄生，凡土质粘重，土层薄，地势低洼积水，施未腐熟的猪牛粪以及麻蔸受其他病虫害为害严重的麻地都有利于该病的发生。栽麻时选择无病壮蔸或使用药剂浸泡病蔸可防治。
在中国麻区普遍发生，美国也有发生。主要为害苎麻茎基部，使染病部位缢缩甚至茎折。病菌以菌丝体和菌核在土中或病残体上越冬。低温多雨、地势低洼、排水不良、土质粘重、施未腐熟的土杂肥有利于本病的发生。化学药剂防治有效。
在中国浙江天台、临海麻区发现，是一种毁灭性的细菌病害。发病初期，麻株顶部首先垂萎，以后下部老叶挂垂，数日后整株枯死。纵切病株，维管束变褐，并有乳白色菌液溢出。病原细菌主要在病蔸、病残体及土壤中越冬。借雨水、昆虫、农具、农事操作等可传播侵染，麻地灌水或遇暴雨能加速该病蔓延。防治措施：严禁到疫区调运种蔸，以防该病扩散，挖去有病麻蔸，集中烧毁；病穴灌注2%福尔马林或撒石灰粉；与禾谷类作物，特别是水稻轮作等。
此外，还有炭疽病Colletotrichum boehmeriae、角斑病Cercospora boehmeriae、褐斑病Ascochyta boehmeriae、苎麻疫霉病Phytophthora boehmeriae、苎麻茎腐病Phoma boehmeriae等。
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