以无性孢子进行繁殖的一类真菌。真菌分类是以有性阶段的特征为依据，但有很多真菌因环境条件影响，在个体发育中不进入有性阶段，甚至失去了产生有性孢子的能力；又因真菌发育的不同阶段是在不同的时间和地点所发生，常常只见其无性阶段，只了解其生活史的一半，故称半知菌，置于半知菌亚门中。已发现有性阶段的半知菌除部分属担子菌外，大多属子囊菌，很多真菌学家深信半知菌基本上起源于双核真菌（担子菌和子囊菌），不承认半知菌“亚门”，因为这会给人以假象，好像半知菌是独立类群，而与子囊菌和担子菌亚门无关。截至1987年已被承认的半知菌约1700属，近20000种，但只有3000多种发现过它们的有性阶段。所以半知菌需要有一个自己的分类系统，当前仍处于发展这个分类系统的过程中。

半知菌的营养体是有隔膜的菌丝体，从菌丝体上形成分化程度不等的分生孢子梗，梗上产生分生孢子。分生孢子梗散生或聚生，聚生的可形成束丝或分生孢子座。有些半知菌形成典型的盘状或球状的孢子果，称分生孢子盘或分生抱子器。分生孢子果多种多样，有很多界于盘、器两者之间。分生孢子盘由菌丝体组成，上有成排的短分生孢子梗，顶端产生分生孢子。有些属在盘的周围或中部还有深褐色的刚毛。分生抱子器有孔口和拟薄壁组织的器壁，其内壁形成分生孢子梗，顶端着生分生孢子。分生孢子器生在基质的表面或埋于基质及子座内。半知菌分类过去都以形态作为分类基础，近30年来变化很大，由形态学转到个体发育研究，并取得进展。因种类多，个体发育类型复杂，研究难度较大，但随着电镜、超薄切片、定时显微摄影、玻片培养和各种微量培养等新技术的应用，有关分生孢子的个体发育、形态解剖、核和壁的生化研究，部有助于更加严格地评价和解释现有的一些分类标准，也有助于一个新的、更合理的分类系统的建立。根据《真菌辞典》第七版（1983年）将半知菌分为两个纲：丝孢纲（Hyphomycetes），分生孢子直接生在菌丝上或生在特化的分生抱子梗上，不生在分生抱子盘或分生孢子器中，还有些种不产生分生孢子，过去称无孢菌群；腔孢纲（Coelomycetes），分生孢子大都产生在一定形状的分生孢子果中。

半知菌分布广，数量多，仅次于子囊菌亚门，在医药、化工、纺织、丝绸、皮革、酿造、食品等工业上都有应用。其中也有许多种寄生于动植物体，尤其是植物病害的病原真菌约有半数左右属于半知菌，能引起籽实霉烂、苗木枯死、植物叶斑、炭疽和疮痂、枝条枯死和丛生、主干溃疡和根腐以及植物整株萎蔫等。