以鞭毛为运动胞器的原生动物。如眼虫（图1）、夜光虫、锥虫、利什曼原虫等。

多数种类表膜坚韧，能维持一定体形。以鞭毛运动，鞭毛一到多根，一般自体前端发出。其结构分为两部分：①游离部分。表面有由细胞膜构成的鞘膜，膜内有两组一定排列的微管，为典型的“9＋2”微管结构。②毛基系统。包括鞭毛深入细胞内的基体（生毛体）及其周围有关的微管和纤维，基体外围无鞘膜，类似中心粒的结构。

营养方式有3种：①自养性营养（或称植物性营养），即体内有色素体，能行光合作用自己制造养料，如衣滴虫；②腐生性营养，体内无色素体，借体表渗透作用摄取周围环境中呈溶解状态的有机物，如锥虫；③动物性营养，以胞口等摄取或吞噬外界固体食物，如变形虫、草履虫等。另外，如绿眼虫等，尚有混合性营养方式，即在有光条件下，可行光合作用，自制养料；在无光条件下则进行腐生性营养。无性生殖的一般为纵二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖则为同配或异配生殖。分布极广，自由生活于淡水、海洋和潮湿的土壤中，少数营寄生生活，而且有些是人畜的病原体，如锥虫、利什曼原虫、毛滴虫等。

图1 眼虫

约有2000余种，分2亚纲。

植鞭亚纲（Phytomas-tigina）通常有色素体，能行光合作用。若无色素体者，其它结构与有色素体的近似种类无大差别。大都营自由生活，有些种类在水系食物链中起着重要作用。如衣滴虫（Chla-nydomonas）、盘藻（Go-nium）等，蛋白质含量丰富（占干物质的36～40%），成为浮游生物的组成部分，是甲壳类和鱼类的自然饵料。其它如夜光虫（Noc-tiluca）、沟腰鞭虫（Gonyau-lax）、裸甲腰鞭虫（Gym-nodinium）等大量繁殖时，可引起海水的赤潮现象（图2），能毒死大量鱼类和甲壳动物；有的毒素还可储存在甲壳动物体内，人和其他动物误食后可引起中毒。淡水生长的钟罩虫（Dinobryon）、合尾滴虫（Synura）等可污染水源，使水质变臭、变腥。但绿眼虫（Englena viridis）等则可被利用作为有机物污染环境的指示生物。

图2 夜光虫（a）和裸甲腰鞭虫（b）