位点上的一基因与其等位基因不发生互作时的效应。亲代传递给子代的是基因而不是基因型，所以在探讨一个群体遗传结构的性质时，有必要采用一种能度量个别基因效应的数值。依求出这种效应所采用的方法不同，称为基因平均效应或基因代换效应。

研究基因的效应，是在一个遗传平衡的群体（见遗传平衡）中，从一对等位基因A—a的位点着手的。设其基因A的频率为p，a的频率为q。其基因型频率为p²AA∶2pqAa∶q²aa。再分别用d、h和-d表示这三种基因型的基因型值。由于基因的加性效应，是以距群体平均数的离差来表示的，所以在估算其效应值时，先要求出群体的平均数，其估算方法概列如下（表1）：

表1 群体平均数的计算方法

求出群体平均数之后，再根据基因型值来估算加性效应。如果带有A基因的配子，随机地跟群体中其他p个A配子或q个a配子相结合，所形成结合子的基因型就是AA和Aa，其频率分别为p和q。AA的基因型值为＋d，A a为＋h，因而其平均值为：（pd＋qh）/（p＋q）＝pd＋qh。则A基因的加性效应是pd＋qh-〔d（p-q）＋2hpq〕＝q〔d＋h（q-p）〕。同样，当带有a基因的配子，随机地跟群体里的p个A配子或q个a配子相结合，则形成A a和aa基因型，其频率分别为p和q。a基因的加性效应是ph-qd-〔d（p-q）＋2hpq〕＝-p〔d＋h（q-p）〕。现用不同血型基因型的鸡产卵情况为例，具体计算如下（表2）。

加性效应是基因型值中能稳定遗传给后代的部分，其数值不因基因型的重组而改变。但随基因频率的大小而不同。所以它既是基因本身的重要性质，更是群体的基本特性之一。这是统计上的概念。决定同一性状的各个有利（增效）基因的加性效应可以累积，以提高性状的数值。这是遗传方差中加性方差和一般配合力的遗传基础。在纯系育种中，可以提高有利基因的频率，直到其频率等于1。同时也排除了其不利（减效）的等位基因，使有利基因的加性效应达到最高。如上例鸡的血型基因型全为AA，即p＝1，则其产卵率比原群体的平均产卵率（32.96）将提高5.04%。在轮回选择中，各个有利基因的累积及其频率的提高，是同时并进的。

表2 基因加性效应的计算