菌丝无隔多核，有性繁殖产生接合孢子，无性繁殖产生不游动孢子的真菌，包括传统分类中无鞭毛的藻状菌和附生于节肢动物等消化道或体表的毛菌纲真菌。接合菌已明显地由水生发展到陆生；由游动的孢囊孢子发展为不游动的孢子或分生孢子。

营养体为菌丝体，由简单到发达，分枝，多数无隔多核，少数有隔，有的菌丝分化成吸收营养和固着菌体的假根、联结假根间的匍匐菌丝、吸器、吸盘等，有的能分泌粘性物质。细胞壁主要成分是几丁质。

无性繁殖多数产生内生的不能游动的孢囊孢子，有的形成分生孢子、节孢子、毛孢子、菌丝段和变形虫状细胞，少数形成厚垣孢子、芽孢子和酵母状细胞。孢子单核、双核或多核；串生或单生；内生或外生。成熟的孢子大多能直接迅速萌发。

有性繁殖为同型或异型配子囊接合产生接合孢子（见图）。同宗配合，或异宗配合，有些则进行孤雌生殖，产生拟接合孢子。

接合孢子类型

接合菌亚门根据菌体的发达程度、生活习性、无性繁殖体的形成方式及类型、寄主等进行分类，分为两纲：①接合菌纲（Zygomycetes），从纯腐生到专性寄生的类型均有，大多数是腐生于土壤、粪及其他有机物上，有些则能侵染人、动物、植物和其他真菌。不少种类能引起粮食霉烂、分泌真菌毒素危害人畜；有些则是酿造、生产胡萝卜素等工业上有用的菌种。其中虫霉属（Entomophthora）、真菌在害虫的生物防治上具有重要作用。无性繁殖产生孢子囊或分生孢子，孢子囊内含有多个或几个，甚至只有一个不动的孢囊孢子。②毛菌纲（Trichomycetes），附生于节肢动物内脏或外骨骼上的专性附生菌。寄主有广泛的地理分布，寄主有海洋、淡水和陆生的节肢动物，最普通的种类寄生在昆虫、甲壳动物及千足虫上。毛菌与寄主的关系目前尚难肯定，有时被认为是共栖关系，菌体简单、无隔多核、不分枝或分枝有隔。菌体以固着器或特殊的吸盘较牢固地与寄主相连。细胞壁为几丁质（如钩孢毛菌目Harpellales）或纤维素（如外毛菌目Eccri-nales）。无性繁殖产生4种孢子：毛孢子、孢囊孢子、节孢子和变形细胞。有性繁殖产生接合孢子，为双锥形。本纲真菌的分类地位还有争议，唯因产生孢囊孢子和有性生殖产生接合孢子而被纳入接合菌亚门。