动物机体正常菌群生态紊乱的一种表现。有许多因素（如服用大量抗生素等）可使正常菌群发生大幅度改变，严重时可使宿主发生一系列临床症状，称之为菌群失调症或菌群交替症。

早在1945年，朱利内尔（Julianelle）便注意到长期大量使用抗菌素能使机体各部位正常菌群的种类和分布发生改变，导致疾病甚至危及生命。1950年，中国微生物学家魏曦亦发现因长期使用链霉素引起正常菌群失调，导致病人死亡的病例。

①比例失调：常住菌在数量上的比例失调，主要表现为慢性疾病状态，如慢性腹泻、慢性气管炎等。一般可分为三度。Ⅰ度为可逆性失调，去掉诱因，可自然恢复；Ⅱ度为慢性失调，诱因去掉后，失调状态仍持续存在，如慢性肠炎等；Ⅲ度为急性失调，常住菌为过路菌或外袭菌代替，或常住菌中某一成员过盛繁殖，临床表现为急性感染状态。②定位转移：常住菌由正常定居部位转移到非正常定居部位，常可引起疾病，如在抗生素诱导下所致的大肠杆菌性肺炎。③自身感染：在激素等影响下或机体抵抗力下降时，正常菌群侵入深部组织或血行。

主要包括：①营养调整。由于饲养失当引起的消化紊乱、腹泻、急性臌气等，可暂时停食，改善饲养即可恢复。②抗菌调整。根据药敏试验，抑制过盛菌，扶植不足菌。③菌群促进物质。根据缺失菌的营养需要，投以有关营养物质，以达到扶植不足菌的目的。如用乳糖加大肠杆菌灌肠可治疗急性痢疾和其他沙门氏菌引起的肠道感染。这是由于此类细菌不能利用乳糖，而大肠杆菌能利用，从而达到生物拮抗的目的。又如喂给幼畜初乳、胡萝卜汁可促进双歧杆菌的生长以防治幼畜下痢等。④活菌制剂。兽医上应用酸乳防治幼畜（禽）下痢，即为最早应用的活菌制剂。对反刍动物慢性前胃疾病和吃豆类引起菌群失调时，灌服瘤胃内容物或反刍时的食团，可收到良好效果。用成年牛瘤胃内容物喂犊牛，可使瘤胃纤毛虫区系形成提早3～6周龄，也使瘤胃内微生物合成挥发性脂肪酸和氨氮浓度提高，促使犊牛增重，并可提早开食，节省牛乳。目前兽医学常用的活菌剂主要有乳酸杆菌、双歧杆菌、蜡状芽孢杆菌、枯草杆菌和大肠杆菌等。