主含叶绿素a与藻胆素的原核藻类。蓝藻与细菌有很多相似之处，均无分化完整的细胞核和细胞器，细胞壁都有肽聚糖网状结构组成的层次，并含二氨基庚二酸（DAP），都行裂殖繁殖，均对青霉素、链霉素敏感等。20世纪70年代末，有人认为应称其为蓝细菌门。但由于蓝藻与细菌之间也存在不同，习惯上仍沿用蓝藻名称。蓝藻门仅含蓝藻纲（Cyanophyceae）一纲，约有1500种。分布广泛，主要在淡水，尤喜温暖、有机质较丰富的水体，有较强耐受紫外线及高温的能力，有的种类能与其他植物共生。

蓝藻又称蓝细菌，为单细胞或群体。原生质体分化为中央区与色素区。中央区位于细胞中部，含核质，但无核膜与核仁的分化。色素区位于中央区四周，不形成色素体，仅有分布色素的光合片层，除含叶绿素a、藻胆素（蓝藻藻蓝素与蓝藻藻红素）外，还有胡萝卜素及蓝藻叶黄素。贮藏养分主要是蓝藻淀粉，细胞壁内层以纤维素为主要组分，外层富含果胶质，组成胶质衣鞘。无性繁殖时通过细胞直接分裂，或以形成藻殖段方式，或产生孢子进行繁殖。

常见的蓝藻如色球藻属为单细胞或群体类型。念珠藻属为单列圆形细胞组成的丝状体，多数丝状体缠绕集合在公共胶质鞘中。藻丝中含有体积较大的异形胞和厚垣孢子。鱼腥藻属与念珠藻属相似，但无公共胶质鞘，颤藻属的藻体单生或集成团。藻丝中具双凹形的死细胞，有时还具胶质的隔离盘，藻体最易在异形胞、死细胞、隔离盘处断离，分成数个藻殖段而繁殖（见图）。

蓝藻

蓝藻发生于35～33亿年前，是地球上最早出现的绿色植物。它们的出现，对于太阳辐射能的利用和积累有重要作用，也为好氧呼吸生物的生存以及生物脱离水域而登陆创造了条件。

有些蓝藻可作水质污染指标。有的种产生毒素，使水质败坏，大多数具异形胞的蓝藻有固氮能力，可用以提高农田肥力。发菜、地木耳等能供食用。螺旋藻蛋白质含量高达干重的50%以上，有开发利用价值。