用于食品加工和引起食品腐败的微生物。食品是微生物生长的良好基质。在适宜的温度及水分条件下，微生物即可大量繁殖，造成食品腐败变质。在食品加工过程或贮藏期间，由于处理不当受微生物侵染造成食品变质的现象十分普遍。也常有致病或产毒素微生物造成食物感染疾病或中毒现象。
用于食品加工和引起食品腐败的微生物。
食品是微生物生长的良好基质。在适宜的温度及水分条件下，微生物即可大量繁殖，造成食品腐败变质。在食品加工过程或贮藏期间，由于处理不当受微生物侵染造成食品变质的现象十分普遍。也常有致病或产毒素微生物造成食物感染疾病或中毒现象。另一方面在人为控制的条件下，也可利用某些微生物生产一些具有特殊风味的食品，有利于人体的消化吸收，提高食品营养价值，如酒、醋、腐乳、酱油、酸菜、谷氨酸、柠檬酸、酸乳、乳酸等都由微生物发酵作用产生（见发酵作用）。
食品微生物的控制与利用对食品工业的发展及人们生活都有密切关系。常见的食品微生物种类有：
革兰阴性杆菌，好气性、无芽孢，端生鞭毛，广泛存在于土壤、水、空气及各种植物体上，分解有机质的能力很强，能在食品表面迅速生长，引起食品变质，有些种类在低温条件下生长造成鱼肉等食品的腐败。代表种：荧光假单胞菌（P.fluorescens）。
革兰阴性菌，椭圆或杆状，好气性、无芽孢、能运动或不运动，老年菌体呈畸型，有较强的氧化能力，能使乙醇氧化为醋酸，为制醋的主要菌种，但在酿酒的工业中则为有害菌，能使酒类变酸。代表种：醋化醋杆菌（A.aceti）。
革兰阴性杆菌，能运动、分解糖类产酸、产气或不产气，常在食品上形成红色菌斑，使食品变质。代表种：粘质沙雷氏菌（S.mar-cescens）。
革兰阴性杆菌，不分解糖类产酸，能产生各种色素，能引起乳品及肉类粘性变质、产碱。代表种：粪产碱杆菌（A.faecalis）。
革兰阴性杆菌，能运动，产色素，分解蛋白质能力强，可引起乳、禽、鱼、肉等食品腐败变色。代表种：水生黄杆菌（F.aqua-tile）。
革兰阴性杆菌，能运动，为重要的腐生菌。常存在于人畜肠道内、水及土壤中，为重要的污染指示菌。代表种：大肠杆菌。
革兰阴性杆菌，为人类重要的肠道病原菌，误食受此菌污染的食品能引起肠道传染病或中毒。代表种：伤寒沙门氏菌（S.typhi）。变形杆菌属（Proteus）革兰阴性杆菌，能运动，
变形杆菌属（Proteus）革兰阴性杆菌，能运动，分解蛋白质能力强，是食品的腐败菌，能引起食物中毒。代表种：肠道变形杆菌（P.entericus）。
革兰阳性杆菌，不运动，常出现于乳品及植物体上，能发酵糖类产生乳酸，蛋白质分解能力弱，常用于酸乳、干酪的制作，酸菜泡菜的腌制，此菌一般不致病，也不产生毒素，为一种有益的菌，但在啤酒和葡萄酒酿造中会使产品产酸，需防止污染。代表种：植物乳杆菌（L.plantarum）。
革兰阳性菌，呈链状排列，能发酵糖类产生乳酸，有些种为病原菌，有些能引起食品变质，有些种可利用其乳酸发酵进行乳品加工。代表种：溶血链球菌（S.hemolyticus）。
革兰阳性菌，圆球形、呈链状，常出现于酸菜制造的初期，能进行乳酸发酵，某些种可转化蔗糖为糊精类物质，为制糖业的有害菌。代表种：肠膜明串珠菌（L.mesenteroides）。
革兰阳性杆菌，厌气性，有芽孢，能分解糖类产酸，分解蛋白质能力强，为引起罐头食品变质的重要菌种，有些产毒或致病。代表种：丁酸梭菌（C.butylicum）。
革兰阳性菌，好气性或兼性，自然界分布极广，有些能产生色素，能引起食品变质，有些能耐低温，可使冷藏食品变质。有些能致病或产生毒素。代表种：金色微球菌（M.aureus）。
单细胞真菌，细胞圆形或椭圆形，出芽繁殖，能产生子囊孢子，发酵酒精能力强，能发酵多种糖类，但不发酵乳糖，为酿酒的主要微生物，用于各种酒类的酿造及酒精发酵，也用于面包发酵及医药。在水果蔬菜及其他食品上生长时能造成食品变质。代表种：酿酒酵母（S.cerevisiae）。
细胞圆筒形，有子囊孢子，能氧化酒精，使酒类变质，为有害的酵母。代表种：粉状毕赤酵母（P.farinosa）。
细胞球形或筒状，可产生色素，细胞中脂肪含量较高，可用以生产油脂，在食品上出现也视为有害菌种。代表种：胶粘红酵母（R.glutinis）。
为丝状真菌，菌丝无隔膜，为多核菌丝，分枝多，产无性胞囊孢子和有性接合抱子，分解蛋白质能力强，能糖化淀粉，可用作腐乳生产菌及糖化菌。出现在水果、蔬菜等食品上能引起食品腐败。代表种：大毛霉（M.mucedo）。
丝状真菌，形态类似毛霉，有假根，具有较强的糖化淀粉能力，为中国小曲中重要的糖化菌，在水果、蔬菜等食品上生长可使食品变质。代表种：米根霉（R.oryzae）。
丝状真菌，产生分生孢子，孢子有绿、黑、红、黄、棕、白等各种颜色，菌丝有隔膜，有足细胞，能产生糖化酶，蛋白酶，纤维素酶等，广泛应用于酱油酿造，淀粉糖化，柠檬酸生产，茶叶发酵制革工业等各方面。常在各种食品上生长引起霉变。代表种：黑曲霉（A.niger）。
菌丝分隔，断裂形成节孢子，有酵母状细胞、好气性，能利用多种有机质，生长旺盛，能引起水果、蔬菜腐烂，也可用以生产单细胞蛋白，供饲料或食用。代表种：白地霉（G.candidum）。
此外，食品上还常出现多种细菌或霉菌，造成食品变质或传染疾病，因此保持食品新鲜，防止微生物污染，为食品微生物学的重要任务。
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