土壤中常见的丝状微生物，数量少于细菌和放线菌，但从生物量上估算，它们却占第一位。因此可以肯定它们在土壤物质代谢中也起着重要作用，在森林土壤和酸性土壤中，真菌常是占优势或起主要作用的微生物。真菌能利用的碳源十分广泛，包括单糖、双糖、有机酸、淀粉、果胶、半纤维素、脂肪、纤维素、木质素等。随着植物残茬、绿肥或堆厩肥的翻入土壤，真菌的数量迅速增加。
土壤中常见的丝状微生物，数量少于细菌和放线菌，但从生物量上估算，它们却占第一位。因此可以肯定它们在土壤物质代谢中也起着重要作用，在森林土壤和酸性土壤中，真菌常是占优势或起主要作用的微生物。
真菌能利用的碳源十分广泛，包括单糖、双糖、有机酸、淀粉、果胶、半纤维素、脂肪、纤维素、木质素等。随着植物残茬、绿肥或堆厩肥的翻入土壤，真菌的数量迅速增加。真菌的区系组成亦随着有机质的分解进而演替，植物残体分解的初期以利用简单含碳化合物的真菌为主，它们大多是快生的卵菌和接合菌；继而是以能分解利用纤维素及其初步分解产物的真菌为主，大多数为子囊菌和半知菌。最后是以分解纤维素和木质素的真菌为主，它们多为担子菌。这种演替过程的划分是以降解不同碳素化合物的能力为依据，并非在某一阶段仅有某些种类的真菌出现。由于互利共栖和偏利共栖关系的存在，当纤维素等复杂有机物降解时，能利用其降解产物的真菌亦大量增加。所以，不同类群的真菌实际上是多相混杂地存在，不过不同阶段相应类群的数量有些差异罢了。
土壤中常见的真菌属有：青霉（Penicillium）、曲霉（Aspergillus）、镰孢霉（Fusarium）、木霉（Tricho-derma）、交链孢霉（Alternaria）、根霉（Rhizopus）、毛霉（Mucor）、枝孢霉（Cladosporium）等属。
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