研究柑橘及其近缘属植物的遗传变异，培育和创造柑橘砧木新类型的一门科学技术。培育新的柑橘砧木类型可以延长柑橘寿命，提高产量和质量，防止冻害和病虫害，对柑橘生产发展十分重要。

中国是最早使用柑橘砧木的国家。还在12世纪时，韩彦直《橘录》（1178年）就有酸橙（朱栾）接柑橘的记载。14世纪《种树书》（1379年前后）说：枳可以作为柑橘的砧木，说明这个期间就开始有柑橘砧木的原始选种。应用杂交方法培育柑橘砧木只是19世纪末叶的事。当时并不是有目的地杂交，而是从接穗品种杂种后代中筛选出符合需要的砧木。1893年，美国农业部开展了柑橘品种的抗病、抗寒计划，曾以葡萄柚与Dancy橘杂交，获得了橘柚Sampson，虽然不能作为品种推广，但由于生长势强，耐流胶病，具有高度的珠心胚特性，所以被用作砧木。1908年美国农业部经多代异属杂交，产生了枳甜橙Citrangors。在这些枳甜橙中没有获得一个品种，但却得到了一个重要砧木Troyer。同样，日本在接穗品种育种的同时，也发现柑橘属与枳壳属的一些杂种后代，具有较强的抗病毒能力，可供砧木利用。有计划、有目的的柑橘砧木育种是从20世纪30年代由托克普斯（Toxopeus）在爪哇开始的。1960年美国也开始了以砧木为目标的柑橘杂交育种。但是相继开展柑橘砧木育种的国家仍然不多，仅有美国、菲律宾、日本等少数国家。

优良的柑橘砧木必须能促进接穗品种长寿、高产、优质；要求树体稍小，但不致影响产量和树体发育；能适应诸如缺少可利用的微量元素等不利的土壤条件。现有的许多砧木由于嫁接不亲和，以及对某些病害的抗性不理想，因而要求育成像酸橙那样对疫菌（Phyto phthora）、根腐病有抗性，同时不感染速衰褪病的砧木。柠檬品种芽接在具有优良性状的大多数砧木上，会发生接合困难的情况，需要嫁接亲和，对疫菌、根腐病和线虫有更强的抗性，并且最好能把对这两种病害的抗性结合到一起。与品种不同，优良的砧木必须能产生许多种子，而且有多数的珠心胚，以便获得苗木的一致性。对优良的砧木还要求抗寒性强，尤其是能增强接穗品种的抗寒能力。此外为使苗圃生产砧木苗繁殖快、投资少，还要求砧木苗能生长快，没有分枝。

除引种外，常见的有实生选种和杂交育种。实生选种有两种情况：一是从天然的柑橘资源中筛选出适应本地区的砧木，因国家、产区不同而异。中国的柑橘产区已有许多这样的砧木，其中著名的乔化砧有四川省的酸橙，广东省的红檬，酸橘（C.sinki），浙江省的构头橙；著名的矮化砧有枳、宜昌橙、酒饼勒等。另一是从大量播种的实生苗中筛选出合乎需要的砧木。美国已筛选出抗钻孔线虫（Rhodo pholus Similus）的甜橙砧木（ridge pineapple）和柠檬砧木（Milarm）；抗柑橘疫菌和寄生疫菌的Carrizo枳橙。杂交育种主要是培育出能抗多种病虫的柑橘属及其近缘属植物的砧木。利用柑橘属和枳壳作亲本杂交，由于要把对几种病虫的抗性结合在一起，需要好几代杂交才能获得成功。因此，美国除了已经获得的Sam-pson橘柚和Troyer枳甜橙Carrizo枳橙外，大量的实生苗还停留在株系阶段，不能成为定型的砧木。卡麦隆（J.W.Cameron，1954）用枳壳与甜橙杂交，已经获得一些株系能抗柑橘线虫（Tylenchulas spp）和脚腐病，在一些情况下，也耐速衰退病毒，可望用作砧木。哈尔恩（J.C.Hearn）在抗线虫育种中，已经得到了抗柑橘线虫和抗钻孔线虫株系杂交后的第一代杂种。比德（W.P.Bitter）在枳橙×枳壳、酸橘（C.sinki）×枳壳、粗柠檬×其他柑橘的杂种中，已经鉴定出一些对虚退病毒（Cachexia）、速衰退病、鳞皮病、顽固病（Stubborn disease）病毒有耐性的株系。

柑橘砧木育种的重点是鉴定对病虫的抗性。为了测定对疫菌、脚腐病的抗性，最普通的方法是把幼苗用这种病菌的水悬浮液处理，在泥炭一蛭石床上潜育2～3个月，然后把没有死的苗木栽在已接种的土床上。在每一次测定时，要包括一组已确知其对疫菌、脚腐病有抗性的品种幼苗作对照。为了测定对钻孔线虫的抗性，必须在移植前接种，而且要栽植一种适合的寄主植物，以增多线虫的数量。速衰退病的抗性鉴定只有在对其它病害有抗性或耐性，并且珠心苗发生百分率高的株系上进行。方法是在这些株系的珠心苗上芽接同一个品种，然后再接种速衰退病病毒，以进行鉴定。