利用化学药剂，诱发果树遗传物质发生变异，从中选择培育新品种的方法。这种化学药剂称为化学诱变剂。

化学诱变剂的种类繁多，其中主要的有烷化剂、碱基类似物、抗生素和中草药等。烷化剂在诱变育种中的应用最为广泛，这一类物质带有一个或多个活泼的烷基，其诱变作用是通过烷基置换其它分子的氢原子，即烷化作用。碱基类似物是一些与DNA碱基相类似的化合物，偶然被渗入到DNA分子中，导制DNA复制时发生配对上的错误。此外，还有些化合物如N-甲基化羟基嘌呤等，使染色体产生断裂。抗生素也具有破坏DNA及核酸的能力，而造成染色体断裂。中草药如长春花碱能阻止细胞纺锤体的形成，使分裂中期停止，抑制核糖体DNA的产生。

化学诱变剂对染色体的损伤较小，引起的染色体断裂局限于某些部位，多数出现在异染色质位置上。某些化学诱变剂能产生大量的可见突变，如用乙烯亚胺和环氧乙烷处理，比辐射诱变出现有价值的突变多，因此有“超诱变剂”之称。但化学诱变剂的效应比较迟缓，诱发的断裂保持较长的潜伏期，染色体的断片较多，而不同染色体间重组较少。但有的认为化学诱变效果不如电离辐射，尤其对植物的营养体部分，诱变作用不明显。其原因可能是化学诱变剂不易渗入分生组织，或者药剂处理的细胞发育期不适，未能达到预期效果。但随着化学诱变处理在植物组织和细胞培养中的应用，其诱变效果将会大大提高。

通常用诱变剂浸泡种子或枝芽，使诱变剂吸入组织内部产生诱变作用。在浸泡前要使大部分细胞进入水合阶段，这时对烷化剂的处理最敏感，其染色体的畸变率最高。药剂处理一般宜在低温下进行。药液pH值大小会影响诱变效果，如烷基磺酸水解后产生强酸，显著提高生理损伤，因此要使用缓冲液。用生长素溶液浸泡材料可以提高化学诱变剂的效应。处理时加入二甲亚矾或增大2～5个大气压，可提高诱变剂的穿透作用。

诱变剂使用的剂量和处理的持续时间，与处理的温度关系密切。一些烷化剂对苹果接穗、桃和甜樱桃的发芽种子，最适浓度为0.5%左右，处理时间24小时；香蕉小苗，最适浓度为0.01～1%，处理时间0.5～3小时。药剂处理后的材料必须用清水漂洗，使诱变剂残留量降低到不显著的水平，并立即种植为宜，以免继续增加损伤。

在诱变育种中如何发现突变体，使扇形突变体（见嵌合体）扩大并得到表现是诱变育种的关键。通常采用分离繁殖法、修剪法或组织培养法，促进内部变异体组织的暴露。突变体后代的选择，根据多年生果树的特点，一般着重M₁代的选择，并进行后代鉴定和系统比较试验。