从大量种质中选择最适亲本，并将它们配成最佳组合。杂交亲本传递给杂种的基因是杂种性状形成的物质基础。在育种工作中，深入分析种质，选择和配组亲本是杂交成败的关键。亲本选择是指根据品种选育目标，选用具有优良性状并能遗传给后代的品种、类型作为杂交亲本；亲本配组是指从选拔出来的亲本类型中，根据育种目标和配合力、合理地配组杂交组合及确定配组方式和顺序。一般把杂交亲本的选择和配组统称为亲本选配。亲本选配得当可以获得符合选育目标的大量变异类型，从而提高育种工作效率。亲本选配不当，即使选配了大量杂交组合，也不一定能获得符合选育目标的变异类型，造成土地、时间和人力浪费。

选择范围包括生产上应用的优良品种，经过研究的野生资源，以及人工创造的变异类型。通常总是针对目标，选用优点最多，缺点最少的品种、类型作亲本，具体选择时应考虑以下几点：①亲本中要有控制目标性状的基因，这是后代能否出现目的性状的内因。两个不抗病品种杂交的后代难以出现抗病类型；两个基因纯合的白桃品种杂交不能出现黄肉后代。杂交目标为数量性状时，要求亲本目的性状至少在中等水平以上，其中一个亲本的优良性状突出。若要选大果，优质、抗病性强的品种，就必须选大果、品质好、抗病品种作亲本，但这些性状并不一定集中于一个亲本之上。②以重要性状为主，对目标性状和其他性状，按重要性和获得难易进行权衡。首先选最重要性状，再考虑次要性状，兼顾其他性状。如罐桃育种中，黄肉、不溶质、丰产、早结果这些性状，不溶质比黄肉重要，丰产性比早结果性重要。③以遗传方式较复杂的多基因控制的综合性状为主，由一对基因所控制的质量性状的亲本，只要1、2代就能达到育种目标，但是多基因控制的数量性状，尤其是品质这种综合性状就难以达到。例如用大苹果与山荆子杂交，要想在后代中消除山荆子亲本的小果劣质影响，至少要进行4～5代重复杂交。因此，选配亲本时首先要考虑遗传方式复杂的综合性状，数量性状，尽可能避免把数量性状上低劣的类型作为亲本。选择育种值较大的性状。同样是多基因控制的性状，其性状之间的传递力亦有很大差异，如成熟期性状一般传递较强，果型指数性状传递力中等，产量性状传递力低。另外，具有相似水平的优良性状不同亲本，其后代具有优良性状个体的出现频率差异也很大，这都表明亲本对该性状的传递力不同。野生或较原始的类型，劣质性状传递力比栽培品种强；多基因控制性状的传递力比少数基因控制性状传递力弱。因之，在选择亲本时，应考虑优良性状育种值较大而不良性状传递力较弱的品种为亲本。⑤要考虑特殊的珍贵类型，果树优良性状如果实大、耐藏、红色等较普遍，而有一些性状，如紧凑、抗病等则很少。从性状间的组合来看，抗寒性强而且果实大的类型很少，黄肉不溶质而且丰产的桃也很少。因此能具备这些性状或性状组合的品种、类型都是很珍贵的，应尽量选作亲本。

选择出适于作亲本的品种或类型后，并不是随意两两组合就能获得符合育种目标的杂种类型。还要选择配合力强的组合，以获得良好的非加性效应。在实际配组时要考虑几点：①尽可能使亲本性状互补。任何亲本都不能避免某些缺点的存在。亲本组合时应考虑到亲本一方的缺点能被另一亲本相对应的优点所弥补。因此，选配的亲本要优良性状多，且没有共同缺点，综合性状中个别性状要能互补。②应考虑主要经济性状遗传规律。如桃一个亲本是白肉不溶质、另一个是黄肉溶质，性状互补，后代拟应能够产生黄肉不溶质后代，但是如果这白肉桃基因是同质结合，又因白肉对黄肉呈显性，所以第一代全部是白肉挑，不能达到性状互补目的。③选配在生态地理起源上相距远的双亲。这样的组合其后代容易获得较大非加性效应。北京植物园1960年用欧洲葡萄玫瑰香（含糖量18%）和中国山葡萄（含糖量15%）杂交，获得后代平均含糖量20.0%，最高达到24.9%，显著高于亲中值（16.5%）。苏联在葡萄育种工作中的统计表明：品种内自交，后代优选率0.16%；相同生态型的品种间杂交，后代优选率0.77%；而不同生态型品种间杂交，后代优选率为2.52%，显著高于前二者。④考虑品种繁殖器官可育性和交配亲和性。一些无籽葡萄、无籽苹果、无籽梨、无核枣、无核柑橘，雌性器官不全，不能正常受精形成正常杂交种子，因而不能作为母本。同样，雌性器官退化，不能形成正常花粉的也不能作为父本。无融合生殖类型既不能作母本也不能作父本。有的品种虽然雌雄性器官发育都健全，但由于配子间相互不适应而不能结籽，称交配不亲和，这在亲缘关系近的品种间很普遍。如梨中菊水（二十世纪×太白）、祗园（二十世纪×长十郎）都是二十世纪直系后代，它们与二十世纪、菊水与祗园间杂交都不亲和，这样就不能配组合。另外，坐果力及每果种子数多少在品种间差异很大，在不影响性状遗传情况下，应采用结实率高，种子多而发育正常的品种作母本。如早熟桃与中熟桃配组组合，一般选中熟桃作母本有利获得杂交种子。