从根颈到第一主枝之间的茎段，也称主干。对树冠起支撑作用，是果树根系与树冠之间输送水分和养分的通道，兼有贮藏养分的作用。木本果树除少数丛状形果树外都有主干。实生繁殖的果树，其树干有发育阶段性上的差异。

树干是果树地上部最早形成的部分，只在果树幼苗期随新枝的生长而加长生长；经过一个生长季后，即不再加长，伴随树龄的增长而逐年加粗生长。树干的加粗量与树冠和根系的生长量呈正相关，而与结果量呈负相关。所以，树干是反映年间树体营养积累状况的一个重要标志。

树干粗度可用树干周长、树干直径或树干横断面面积表示。测量树干粗度一般在距地面20～30厘米处；或地表与第一主枝间的中点，并依树干高矮而定。通过每年的测量或一年中不同时期的测量，可以了解树干每年或不同时期的加粗生长量，可以大体了解果树在一个生长季节中消耗与积累的关系。为了减少误差，第一次测量时，在测量处做出标记，以后都在同一部位测量。因树干多近圆柱形，用干径可算出干周，用干径或干周可算出树干横断面面积，其公式如下：

C＝πD

树干

式中 D干径；C干周长；S干横断面积；π圆周率。树干生长量，幼树常用干径表示，大树多用干周表示。因树干横断面面积比干径、干周长度值更明显，故也有用横断面面积来表示的。

自然生长的果树，因种类不同，主干高度差异较大。如银杏、核桃、柿等，主干常高达2米以上，而桃、石榴、柑橘等，主干高度不足1米。同一树种、品种在相同的环境和管理条件下，矮干树比高干树，便于物质的运输交换和减少能量的消耗，有利于生长，一般表现树冠大、结果早、产量高和便于树体管理。生产上，果树主干高度因栽培制度和管理条件而有不同要求。一般情况下，大多数果树，经过定干，主干高度为30～70厘米。粮果间作的果树，为便于在树冠下种植间作物，主干宜高；冬季严寒地区行匍匐栽培的果树，为便于埋土防寒，主干宜矮。

香蕉在花芽形成前的地上茎是由覆瓦状的叶鞘，层层紧压重叠而成，也起着主干的支撑和运输作用，故称假茎。

生产上，对树干的管理措施有环剥、倒贴皮、涂白和刮除粗皮、病皮等措施。