生物种族的进化史。果树上，主要是指某一个科、属、种的产生和发展的历史。

果树个体发育的不同阶段和不同年龄时期，在形态特征上不同程度地反映了该种果树系统发育的过程。如栽培类型的实生树，在童期阶段表现出叶小、多针枝、易生气生根等，反映了系统发育中早期的原始野生果树的特点；随着个体发育中年龄时期的发展，到成年结果阶段表现叶大、芽大、针枝逐渐消失，出现栽培果树的特征。这些特征反映出了系统发育中的高级阶段。这种系统发育的印迹在几十年以上的大树上仍能清楚地观察到。

系统发育也反映在生理上。由实生苗成长起来成年果树的衰老，总是从树冠顶部的高级次骨干枝开始，逐渐向低级次骨干枝移动，这反映了高级次骨干枝在系统发育上是年老的。相反，果树的萌蘖总是产生于低级次的骨干枝，这反映了越低级次的骨干枝在系统发育上越年幼，它的生命力越强。

生物的进化就是由生物的个体发育与系统发育这两个相互密切联系的发展过程完成的。生物在系统发育的历程中，有三个因素起主要作用，即遗传、变异与选择。①遗传是生物进化的基础。遗传表现为上代与下代的相似性，即子代按照亲代所经过的同一途径和方式，产生与其亲代相似个体的一种繁殖过程。由于生物有遗传的潜在能力，才保证了物种的稳定性和连续性，使生物种族得以繁衍和发展。②生物具有变异性。从而使生物具有生存和发展的可能性，才能更好地适应变化了的外界生活条件，生物的遗传物质的变异，能把这种变异传递下去，为生物进化提供原材料，保证生物的进化和发展。③选择决定生物进化的方向。遗传和变异是生物进化的两个因素，选择又决定着生物的变异与遗传的发展方向。由于选择具有这种主导作用，使生物的系统发育过程中，表现出所谓“定向的进化”。选择分人工选择和自然选择。人工选择，对人类有利的生物被保留下来，对人类不利的个体被淘汰；自然选择，是外界环境条件对生活在其范围内的生物的取舍，即适于这个条件的生物被保留下来，不适于这个条件的生物逐渐被淘汰。人工选择和自然选择对生物进化都具有重要意义。生产上应用的果树栽培品种，无一不是由野生果树通过人工选择和自然选择的共同作用下发展而来的。