在自然界处于野生状态，未经人类驯化改良的植物种。其中与栽培果树在起源、进化方面有亲缘关系的，称为果树的近缘野生种。野生种是大多数栽培果树的祖先，在研究果树的起源、演变、分类等方面有重要意义，是现代果树栽培上很重要的砧木资源；又是培育新品种的宝贵遗传资源。野生种长期生存于一定的自然环境中，形成了对当地环境条件高度的适应性，对不良环境往往具有一般栽培种所没有的抗性。这些遗传特性是经过长期自然选择而形成的，表现稳定，在杂交的情况下易于传递给后代。又由于风土条件的差异、异花授粉造成后代的分离，形成许多不同的生态型和变异类型。例如株形的高矮，果实的大小，抗性的强弱等。一般野生种果实的经济价值较低，未经改良前食用品质远较栽培品种为劣，多不直接用于果品生产。因此，对于野生种来说，只有不同的变种、类型，而无所谓品种。

在人类生产实践中，对野生果树进行选优汰劣，使那些对人类有利的性状逐渐留传下来，发展成为有栽培价值的树种。例如在中国果树资源调查中，发现野生猕猴桃的大果、无毛等类型，稍加改良就可用于栽培生产。栽培果树中最常用的砧木，大多来自它们的野生近缘种。因其对环境条件的适应性强，例如苹果的砧木山荆子、海棠；柑橘的砧木枳、酸橙；梨的砧木杜梨；柿的砧木君迁子等。野生种内不同的生态型表现不一，对嫁接品种也有不同影响，因此选择砧木不仅要考虑到适宜的种，还需要考虑到适宜的类型。现代果树育种，特别是抗性育种中，单纯依靠栽培品种的种质已有很大局限性。以少数栽培品种为亲本进行杂交，其后代的抗性、适应性下降。野生种在抗性、适应性的遗传上有稳定的遗传传递力。苏联果树育种家米丘林（И.В.Мичурин）在进行杂交育种时，广泛地利用了野生种类为亲本。他在樱桃育种中利用野生稠李（Prunus padus L.）育出了抗寒、抗病、丰产的新品种。中国在葡萄抗寒育种中也曾利用山葡萄为亲本，育出了抗寒、优质的新品种。野生种的适应性和抗性遗传往往与劣质果实性状相连锁，在杂交第一代多不能直接利用，还要配合其他方法（如回交等）逐步改进品质。

业经人类驯化栽培的果树，由于鸟兽传播种子等原因，生长于野外，又回复到不需人们照料能独立生存于自然条件下的情况，称为逸生（escape）或野化，它们与野生种是有区别的。