原生动物中多种鞭毛虫引起的畜禽寄生虫病的总称。重要的病原体有锥体科的锥虫属（Trypanosoma）、利什曼属（Leishmania），毛滴虫科的毛滴虫属（Trichomonas）、三毛滴虫属（Tritrichomonas）和单毛滴虫科的组织滴虫属（Histomonas）。

锥体科的虫体呈纺锤状或柳叶状，两端变窄，前端较尖，后端较钝。靠近虫体中央有一较大的近乎圆形的细胞核，称之为主核；靠近体后端有一点状的动（基）体（kinetosome），又称运动核或毛基体，鞭毛由此发出；其后方有一小体称副基体，实为线粒体的一部分。鞭毛一根，由毛基体发出后，游离或以波动膜与虫体相连，虫体随鞭毛的运动向前方推进。许多锥虫寄生于动物的血浆及其组织液中，靠渗透作用直接吸取营养。以纵分裂方式进行繁殖。锥虫病的传播，除马媾疫系由粘膜直接感染外，其他锥虫病均由吸血昆虫（虻、螫蝇、虱蝇等）作媒介传播。对中国家畜危害严重的锥虫病是伊氏锥虫病和马媾疫。这些病的病原体以内渗方式吸取宿主的营养，同时排出其代谢产物和毒素，使宿主的神经系统和血液受损，从而破坏其正常的代谢功能，产生严重的病理反应，甚至发生死亡。

毛滴虫科的虫体有4～6根鞭毛，其中一根向后伸展，并与波动膜相连，有轴柱；副基体是由体部和一根或多根纤丝联合组成。虫体常呈梨形，前端圆、后端尖。毛滴虫的生活史简单，不需要中间宿主，以纵分裂法繁殖。对中国家畜危害严重的是牛胎三毛滴虫病。

单毛滴虫的虫体有3～4根前鞭毛，向后的鞭毛全部游离，或在近端有一段粘附于背部的体表。副基体为杆状、盘状或V状。虫体通常近于圆形，有时变长。以二分法繁殖。对中国家禽危害严重的是火鸡组织滴虫病。