根据动物进化路线，阐明寄生虫在动物界的地位和种间关系而建立的系统。是研究寄生虫病防治的基础。

寄生虫的分类和其他动物的分类一样，习惯上把虫种组合成属、科、目、纲、门等自小而大的类群，其间还可以附加一些中间层次。寄生虫名采取双名制，即一个寄生虫种的科学名由两个字组成，第一个字是属名，表示这种寄生虫隶属于这个属，第二个字是种名。寄生虫的命名遵照国际动物命名法规。

在动物界，原生动物亚界各门、扁形动物门、线形动物门、棘头虫动物门、五口虫动物门和节肢动物门的动物，或全部、或大部、或部分营寄生生活，成为其他动物的寄生虫。

寄生性原虫包括在下列各门、纲、目中。

肉足鞭毛虫门Sarcomastigophora

动物鞭毛虫纲Zoomastigophorea

动体目Kinetoplastida

旋滴目Retortamonadida

双滴目Diplomonadida

毛滴目Trichomonadida

根足纲Rhizopodea

阿米巴目Amoebida

复顶门Apicomplexa

孢子虫纲Sporozoea

球虫亚纲Coccidia

真球虫目Eucoccidiida

艾美耳亚目Eimeriina

血孢子虫亚目Haemosporina

梨形虫亚纲Piroplasmia

微孢子虫门Microspora

粘孢子虫门Myxospora

纤毛虫门Ciliophora

寄生性蠕虫包括在下列门、纲、目中。

扁形动物门Platyhelminthes

单世代纲Monogenea，鱼类的寄生虫

吸虫纲Trematoda

盾腹亚纲Aspidogastrea，大多数是软体动物的寄生虫

孖体亚纲Didymozoidea，鱼类的寄生虫

复殖亚纲Digenea，家畜、家禽和人类的吸虫

枭形目Strigeata

棘口目Echinostomata

斜睾目Plagiorchiata

后睾目Opisthorchiata

绦虫纲Cestoidea家畜家禽等多种脊椎动物和人类的绦虫

假叶目Pseudophyllidea

圆叶目Cyclophylljdea

线形动物门Nemathelminthes，寄生于家畜家禽和人类及各种重要经济动物的线虫

线虫纲Nematoda

无尾感器亚纲Adenophorea（Aphasmidea）

毛尾目Trichurata

膨结目Dioctophymata

有尾感器亚纲Secernentia（Phasmidea）

杆形目Rhabditata

圆形目Strongylata

蛔目Ascaridata

尖尾目Oxyurata

旋尾目Srirurata

驼形目Camallanata

丝目Filariata

棘头虫动物门Acanthocephala，所含虫种均营寄生生活，宿主包括鱼类、两栖类、爬虫类、鸟类和哺乳类，寄生于畜禽和人类的虫种不多。

原棘头虫纲Archiacanthocephala

寡棘吻目Oligacanthorhynchida

古棘头虫纲Palaecanthocephala

多形目Polymorphida

寄生性昆虫、蜱螨包括在下列门、纲、目中。

节肢动物门Arthropoda，营寄生生活的虫种主要是外寄生虫

甲壳亚门Crustacea，鱼类寄生虫

单支亚门Uniramia

昆虫纲Insecta

虱目Phthiraptera

食毛亚目Mallophaga，羽虱、毛虱

虱亚目Anoplura，吸血虱

半翅目Hemiptera，臭虫和锥蝽等

蚤目Aphaniptera（Siphonaptera）

双翅目Diptera，包括蚊、蠓、蚋、虻和蝇等

蛛形纲Arachnida

蜱螨目Acarina

属下述的门与目：

五口虫动物门Pentastomida，所含种类俗称舌虫，多数种寄生于蛇、蜥蜴、鳄鱼等动物；仅一种寄生于鸥，一种寄生于犬科和猫科动物，偶寄生于人。

孔首目Porocephalida。