抗原选择性地刺激相应淋巴细胞克隆产生特异抗体的理论。由伯内特（M.F.Burnet）于1957年提出。该学说强调淋巴细胞的多态性（有数以百万计个克隆）和抗原的选择作用。主要论点是：①淋巴干细胞随机分化为很多淋巴细胞克隆，每个克隆的淋巴细胞都有相应的独特受体，对应于一个抗原决定簇。②抗原进入机体后，抗原分子的决定簇选择性地与带有相应受体的淋巴细胞结合，刺激其增生和分化为分泌抗体的效应细胞和记忆细胞。③一个淋巴细胞产生的抗体的特异性与其抗原受体的特异性完全相同。淋巴细胞产生特异抗体的能力在接受抗原刺激之前即已形成。④一个淋巴细胞上的抗原受体是单特异的，它所带有的抗原受体只有一种特异性，由它分化发育而成的浆细胞克隆只分泌种抗体。⑤在未成熟前接种相应抗原，如在胚胎时期接触自身抗原和人工接种的非自身抗原，则相应的淋巴细胞克隆从体内消失或被抑制，形成天然免疫耐受。⑥由于体细胞突变或其他原因，个体可以产生对某种自身抗原起反应的淋巴细胞克隆（禁忌细胞系），导致自身免疫应答。⑦因为带不同受体的淋巴细胞克隆数量巨大（约10⁷～10⁸），自然界存在的或人工合成的绝大多数抗原在机体内总能找到带相应受体的细胞克隆，引起免疫应答（图）。当然，也有少数抗原在某一个体内找不到带有相应受体的细胞克隆，从而表现为无免疫应答。

克隆选择学说

克隆选择学说能解释抗体应答的特异性和多样性，免疫记忆、免疫耐受、同种移植免疫以及自身免疫等多种免疫现象。在该学说提出后的第二年，关于一个细胞只分泌一种抗体的假说就得到了验证。当时对所谓“抗原受体”的化学本质还不明确，后来才知道，B细胞的抗原特异受体即为膜表面免疫球蛋白（SmIg，SIg）。1975年以来，杂交瘤技术和单抗的问世、抗体基因分离鉴定的成功、抗体多样性产生机理的阐明，以及淋巴细胞分化发育和抗原特异受体研究的进展等一系列免疫学新成就都从分子水平的各个方面证实了克隆选择学说的正确性（见抗体基因、抗体产生、淋巴细胞杂交瘤技术等）。

该学说在创立之初，是以体液免疫应答为对象，作为抗体形成的理论提出的。此后的30余年内，细胞免疫应答的研究取得了前所未有的成就。细胞的分化和发育、T细胞受体的结构和功能，以及T细胞对抗原的应答等方面的研究成果都充分显示，克隆选择学说同样适用于细胞免疫应答。所不同的是：①T细胞表面的受体不同于SIg，是由不对称的α链和β链构成的分子，两条链都含有可变区和恒定区，恒定区的一端嵌在细胞膜上。②T细胞受体不能识别和结合可溶性外来抗原，只能识别在巨噬细胞或辅助性T细胞表面由外来抗原和相应MHC抗原共同构成的抗原决定簇，而被活化。③T细胞被激活后，产生针对该抗原的单特异效应T细胞及记忆细胞。④T细胞有很多亚群，细胞免疫应答比体液免疫应答更为复杂，其中许多问题尚无法从该学说得到解答。