认识传染病表现和流行规律的重要方法。目的是为了了解传染病发生的原因和传播的条件，以便及时采取合理的防疫措施，迅速消灭传染病的流行。未发病时研究某地区影响传染病发生的一切条件，考察某项防疫措施或预防制剂的效果：发病时于疫区内进行系统的观察，查明传染病发生和发展的过程，弄清传染源，易感动物，传播媒介，传播途径，影响传染散播的因素和条件，疫区范围，发病率和致死率，进而制订出有效的防制措施。在进行调查之前必须拟定调查计划，明确目标，根据目标决定调查种类、范围和对象。

对疫区进行调查的主要方法有：①询问调查。通过向畜主、管理人员、当地居民和兽医询问座谈等方式，力求初步查明传染源和传播媒介。②现场察看。仔细察看疫区的情况，以便进一步了解流行发生的经过和关键问题的所在。可根据不同类型的疾病进行重点项目的调查。例如在发生肠道传染病时，应查明饲料的来源和质量，水源卫生条件，粪便和尸体处理等情况；在发生由节肢动物传播的传染病时，应调查当地节肢动物种类、分布、生态习性和感染情况等。对于疫区的一般兽医卫生情况、地理分布、地形特点和气候条件等亦应予以调查。③实验室检查。为了确定诊断，对可疑病畜应用微生物学、血清学、变态反应、尸体剖检等各种诊断方法进行检查。为了解外界环境因素在流行病学上的作用，可对有污染嫌疑的各种物体（饲料、水、土壤、畜产品、节肢动物或野生动物等）进行微生物学和理化学检查，以确定可能的传播媒介或传染源。对某些传染病还可用血清学方法对畜群免疫程度进行抗体水平的测定等。④应用统计学方法进行调查。对所有的发病动物数、死亡动物数及预防接种头数等进行统计、登记和分析整理，计算发病率、死亡率和病死率等。调查完毕时，应综合分析全部资料，以便作出有关传染源和传播媒介等的相应结论，得出流行过程的客观规律，并提出防制传染病的计划和建议。