日本在发展渔业生产中，十分重视渔业管理。1901年颁布了《日本渔业法》和《日本渔业法施行法》，1902年颁布了《日本渔业法施行规则》，1904年颁布了《水产资源保护法施行令》等渔业法规。为了使捕捞强度与渔业资源的再生能力相适应，对渔船建造、渔场安排、渔船数量、作业时间、渔获物等都制定了严格的许可制度，对符合条件的发放许可证书后方可作业。对某些水域和作业还严格规定了禁渔区或禁渔期。对所用的网具规格也从多方面加以限制。还专门指定卸鱼港口，以便随时对渔获物进行检查。

日本的渔业管理，由水产厅长官官房总务课及渔政课具体负责。此外还设立中央渔业调整审议会和海区渔业调整委员会。农林水产大臣或都、道、府、县知事作出有关渔业资源管理决定时，必须事先听取相应一级渔业调整委员会的意见。水产厅还在北海道、仙台、新潟、香住、濑户内海、九州等地设立海区渔业调整事务所，负责渔业法规的监督执行、渔业纠纷的调解处理以及有关渔业管理的具体工作。在一些特定海域，如濑户内海、玄海、有明海等，还各设一个联合海区渔业调整委员会，具体负责海区划定、渔船增减、作业时间安排，以及制订鱼类可捕标准等管理工作。日本水产厅及各级渔业调整事务所，均有渔业监督指导官，根据渔业法规处理有损渔业资源的违法事件。为及时掌握渔业动态，日本从事底拖网、围网、鱼钓等作业渔船，每天都要按规定时间和内容向渔业监护船报告一次，渔业监护船每天将海上渔船作业情况汇总报海岸电台，并通过海区渔业调整事务所报水产厅。海上作业渔船必须填报渔捞日志，以供海区渔业调整事务所等渔业管理部门及时掌握情况，分析资源状况，对合理利用和加强管理作出决策。