水域生物群落从一种类型转变成另一种类型的顺序过程，或是在一定区域内群落的彼此替代。这种演替须经历漫长的历史过程。但随着环境污染的威胁加剧和淡水湖泊营养化进程的加快，生态演替过程也在加快。

生态演替特征是：①群落发展随时间的推移有规律地向一定方向发展。因而是可以预见的；②演替由群落引起物理环境改变而产生。因而演替是受群落本身所控制；③演替以顶极群落（climax）为发展顶点。这时群落与环境相适应，两者处于动态平衡的稳定状态。演替由生物群落内部生物学过程所引起，称为自源过程；由外部变化或其他因素所引起，称为异源过程。若异源过程超过自源过程，则其发展趋势就与上述演替方向相反。

生物群落在向顶极群落发展的过程中，物种多样性增加，生物的生态位趋向狭窄；层状结构或局部不均一性趋向明显；群落的生产量和生物量增大，但群落净产量减少；矿物质营养循环从开放性趋向封闭性。因此，随着群落的演替，其结构与机能趋向完善。即使有来自外部的影响，也可依靠自身调节能力的增强来维持系统的稳定性。

在浅海生态系统，群落的演替过程往往因比较强烈的能量和物质输入而复杂化，致使群落发展的正常趋势加强、停止或后退，也可能出现波动状稳态（pulse stability）。河口湾和潮间带多处在演替的早期阶段。只有少数种类能适应这种剧烈变化的环境条件，种的多样性较低。而周期性的潮汐使营养物质循环加速或外加补充能量，使生物生产力提高。但它不是一个能自我维持的顶极群落，而是维持在早期的、相当多产的阶段。

湖泊生态系统的演替有其独特的过程。在湖泊形成初期，营养物质贫乏，生产力不高，水中含有大量氧气。随着外部不断向湖泊输入营养物质，生物生产力也随之提高。经过一段漫长的时间以后，湖泊底部氧气逐渐减少，需氧生物种类和数量大大下降，有机残体在嫌气状态下难以分解，湖底有机物质沉淀堆积，湖水变浅，湖岸植物带向湖心推移，湖泊逐渐变成沼泽，进而被草甸代替，最后成为陆地演替的底质。湖泊的这种演替过程是异源过程超过自源过程的结果。