渔业环境管理的一个方面。为保护水域生态环境、水资源和水生生物，由国家和地方政府对具有特定典型意义的海洋和内陆水域划定界限，采取特殊措施在加以保护的自然水域建立水域自然保护区，是人类为保护自然环境而采取的一项重要措施。

从世界上第一个自然保护区的建立到现在，已有100多年的历史。在世界各国所建立的自然保护区中，以保护水生生物为目的的水域自然保护区占有重要地位。世界野生生物基金会、自然和自然资源保护联盟等国际组织也都多次呼吁保护水域环境和水生生物。中国政府和渔业行政主管部门非常重视对水生生物的保护。从50年代起就在沿海海域陆续建立了保护经济鱼类及其幼鱼的保护区和禁渔区。目前已建立的主要珍稀水生动物保护区和保护站有：广东省惠东海龟自然保护区，广西合浦儒艮保护站，湖北省的白鱀豚、中华鲟保护站，四川省乐山大鲵自然保护区，黑龙江省的鳇鱼、哲罗鱼和大麻哈鱼保护区等等。这些保护区和保护站都采取了有效的措施，并取得较好效果。

水域自然保护区能完整地保存水域环境和水生生物生态系统的自然状态，为人类观察研究水域生态环境系统的发展规律提供客观依据。在自然环境不断遭到人为破坏的情况下，可以保护、挽救、恢复和繁殖水生生物物种资源，特别是濒于灭绝的珍贵稀有水生动植物物种。因此，水域自然保护区是水生生物天然的“物种库”和“基因库”。水域自然保护区的建立，同时可以使人类有效地保护和合理利用水资源，加强对水域环境的监督和管理，防止水域污染，维护水域环境生态系统的平衡，改善自然条件和人类生活条件。

建立水域自然保护区以保护水域环境生态系统和水生生物资源为主，在严格保护管理的基础上，合理地利用水生生物资源。同时应与生产、科学研究、教育、旅游等事业结合起来，统一经营和管理。管理的方式应根据保护对象、性质和任务而定。如经济水产资源保护区，就要与渔业生产的统一规划和管理结合起来，以保证资源的恢复和持续利用。珍贵稀有水生动植物保护区，则要严禁人为的干扰和破坏，以保护和繁衍物种。同时开展常规和专题性的科学研究以及人工饲养、繁殖和引种等工作。

选定水域自然保护区首先要考虑它所保护的对象。一般可归纳为：①具有代表不同地区和类型的典型的水域生态系统。②具有本国特产的或世界性珍贵稀有物种的自然水域。③具有重大经济价值的鱼类和水生生物所在的自然水域。④具有其他特殊保护意义的自然水域，如水源地、风景区等。

建立水域自然保护区应考虑保护对象的活动和洄游的最适范围，还要注意与经济建设和人民生活的关系。水域自然保护区选址范围确定后，要调查水文、地形、土壤、植被、气象和动植物的组成等基本情况。根据这些调查资料进行规划设计，提出具体划界范围、筹建意见书和设计任务书。经主管部门批准后，即可进行基建规划。基建规划的内容主要包括管理机构、观察站、道路、交通工具、有关仪器设备、人员编制等项目。

水域自然保护区可以按照保护对象和保护性质分为不同类型，主要有以下几类：①以保护生产性经济鱼类的资源遭到严重破坏的海区。如大黄鱼、小黄鱼、带鱼及其幼鱼的保护区和禁渔区。②以保护珍贵稀有水生动植物为主的保护区。如福建省厦门文昌鱼保护区等。③为保护水资源而设的保护区。如城镇为保证供水而建立的水源保护区。④以保护自然风景为主的水域保护区。如某些沿海城市的海滨浴场保护区等。