来自于大气和畜体各种微生物的统称。空气中没有微生物生长所需要的足够的水分和可利用形式的养料，因此空气中的微生物大部分在较短时间内死亡，只存在一定数量的微生物。舍外大气中的微生物大都是非致病性的腐生性微生物，主要是真菌的孢子、细菌的芽孢和某些耐干燥的球菌（如葡萄球菌、四联球菌等）。由于大气稀释、空气流动和日光照射等影响，舍外的空气中很少存在病原微生物。舍内空气中的微生物数量远比舍外多，特别是在饲养密度高、通风不良、卫生管理差的畜舍中，空气中可有大量微生物存在。畜舍空气中的微生物除大气中原有的一些微生物外，也可能存在有来自畜禽机体的某些病原微生物，如结核杆菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流行性感冒病毒及烟曲霉等。当畜舍中爆发各种传染病或有带菌（或带病毒）的畜禽时，这类病原微生物也可能在空气中短期存在并导致疾病的传播。

空气中的微生物可通过两种方式进行疾病的传播：①尘埃传播。病原微生物以灰尘为载体，随尘埃飞扬，易感者吸入灰尘后即可感染。凡耐干燥的病原微生物都可以此传播。②飞沫传播。畜禽在咳嗽、喷嚏、鸣叫时喷出的含有病原微生物的小飞沫，能在空气中传播一定距离。特别是较小的飞沫可迅速蒸发，形成飞沫核，这种细小的颗粒在空气中飘浮的时间较长，并可随气流传播较远距离。

防止空气微生物污染的措施主要有：①选择畜牧场场址时，应远离医院、兽医院、屠宰场、皮毛加工场等传播源。②设置各种消毒设备，严格消毒制度。如牧场和畜舍出入口设置消毒池或消毒垫；工作人员进入畜舍前，应在专设的消毒室内消毒，并换上消毒的工作服、帽和鞋。③实行“全进全出”的畜群周转制度（同一幢畜舍的畜禽同时进舍同时转出），按时进行畜舍的彻底清洗与消毒。及时发现并隔离病畜和带菌（带病毒）畜禽。④严禁场外人员和车辆进入畜舍区。畜牧场四周应有防护设施，防止场外动物携带病原菌进入场内。⑤加强畜舍通风换气，使室内空气经常保持清洁。