按照一定的规则安排公母畜的交配，又称交配体制、交配系统。是家畜育种中一项非常重要的措施。如果只选拔优良个体而不为它们选取合适的配偶，那么选择的作用将无法累积，具有预期基因组合的后代将很难产生，畜群的性状就无法按预定育种目标发生遗传性的变化。

交配体系

某个性别的每个个体都有同等的机会与另一性别中的任何一个个体交配。这是随机交配（random mating，panmixis）的典型概念（见随机交配）。但有时出于某种育种工作的需要而要求在避免全同胞交配或避免全同胞和半同胞交配的前提下实行随机交配。于是，随机交配出现了两类，一类是完全随机交配；另一类是不完全随机交配，即限制一定程度近交的随机交配。

随机交配不同于无计划的随便交配或野交乱配，因为随机交配有其明确的目的，或为选择试验与近交试验中所设立的对照群累代保持平衡状态（即基因频率与基因型频率累代保持不变）创造必要条件，或在培育新品系过程中为基因的重新组合创造有利条件等等。

见近交。

考虑交配双方品质相似性的交配。所谓品质，既可以指质量性状的表现型和数量性状的表型值，也可以指遗传品质，即质量性状的基因型和数量性状的育种值。根据相配个体品质的相似与相异，可分为同质选配与异质选配两种。

同质交配

选取在性状表现上相同或基本一致，或育种值相近的优良公母畜进行交配，旨在获得与亲本相似的优良后代。是否能达到此目的，这取决于亲本的相似程度、优良程度与纯合程度，取决于是否按基因型或育种值选配。对同质交配在认识上还应明确以下问题：①同质交配，不是“相似的配相似的，产生相似的”，而应是：“好的配好的，产生好的”；②同质交配时交配双方一般无近的亲缘关系，但又有相似之处。同质交配与近交一样也具有提高纯合子频率这一遗传效应，然而提高的速度要缓慢得多，但基因型同质交配的效率要比近交更高。同质交配的效应只限于选配时考虑到的一个或少数几个性状，而近交则可导致所有基因位点上的纯合子频率的提高。

异质交配

选取具有不同优良性状或在同一性状上优劣程度不同的公母畜进行交配。前者是为了获得兼具有双亲优点的后代，譬如泌乳量高的牛与乳脂率高的牛相配，有可能产生泌乳量与乳脂率都高的后代；后者是为了获得在某一性状上有所改进的后代，譬如低产母牛就可用一头泌乳量育种值高的公牛来配种。异质交配与矫正配种（corrective mating）不能混为一谈。矫正配种是使有相反缺点的公母畜交配，如凹背黄牛与凸背黄牛配，企图获得中间类型。实践证明，这样并不一定能获得好效果。正确的办法该是用背腰平直的公牛来与凹背母牛配种。

同质交配与异质交配在实践中是不能截然分开的。例如一头背膘薄但生长较慢母猪与一头背膘薄生长又快的公猪交配，对背膘厚度这一性状而言是同质交配，而对生长速度这一性状而言为异质交配。因此，同质与异质交配在实践中应能结合使用或交替使用，让畜群既克服缺点又巩固优点。